基因序列常用操作

提取指定区域基因组序列

  • 单个序列，samtools faidx 提取：
    samtools faidx reference.fa chr1:1000-1100
  • 多个区域序列提取，构建区域bed文件， 利用bedtools提取：
    bedtools getfasta -fi reference.fa -bed target.bed -fo output.fa
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