生信小组第62期 Day3 -by miangmiang

今天开始了第三天的学习,今天的主要内容是linux下conda的安装。

以下步骤引用均自"生信星球"教程

1.下载miniconda的安装文件

1.1打开下载文件的网页,复制下载链接

下载连接

1.2输入指令wget (网址)

wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

1.3bash xxxx.sh运行安装文件

bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

1.4激活软件

source ~/.bashrc

1.5 设置镜像

2.使用conda

2.1 查看软件列表

conda list

2.2 搜索软件

conda search fastqc

2.3安装软件

conda install fastqc -y

2.4(卸载软件)

conda remove fastqc -y

3.conda 环境

3.1 查看conda当前环境

conda info --envs

3.2 创建一个新环境

conda create -n    rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y

3.3 激活环境

conda activate rna-seq

4.安装体会

  • 文件格式
    在Linux下安装文件的后缀是.sh,在今天一开始的时候,不小心复制错了链接,下载成了.exe。结果bash的时候就出现了错误"cannot execute binary file"
  • 对环境的初步理解
    对于不同的软件,需要不同的环境支持,在今天我按照教程尝试了配置了一个环境,对环境这个概念有了更深的理解。

以上就是今天对Linux的学习,最后感谢生信星球的指导!

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