基因表达调控可以分为转录层面调控和转录后调控（mRNA稳定性/蛋白稳定性等PTM修饰），对应的就是过表达/激活B基因/蛋白或者敲降/抑制B基因/蛋白检测A在mRNA和蛋白水平的改变。先看有没有，再看在哪个层面：
1、如果mRNA层面有改变，那么B应该是直接或者间接影响了调控A基因转录的转录因子：1）直接调控转录因子活性或者稳定性，进而影响转录因子和顺式作用元件的结合；2）间接调控顺式作用元件染色质局部的开放程度，即表观遗传层面，从而影响转录因子和顺式作用元件的结合。此外，B也可能通过影响转录后mRNA的稳定性来影响A的表达（可能性小，但是机制层面而言比较新颖），当然这是在你排除了B对转录过程没有影响之后才需要考虑的可能。确定了B对A转录的调控之后，可以查文献或者利用ChIP-seq去找相应的转录因子，然后用ChIP和CoIP等实验验证B和转录因子之间，以及B对转录因子和顺式作用元件之间相互作用的影响。即阐明B-转录因子-顺式作用元件（启动子、增强子等）三者之间的关系。
2、如果mRNA没有变，蛋白表达变了，那就是翻译后修饰在从中作梗。此时你要确定蛋白的稳定性是变强还是变弱，通常大家都会用蛋白翻译抑制剂和蛋白降解抑制剂来看看调节B之后，对蛋白A的稳定性有没有恢复效果。确定有作用以后，还是查文献或者用CoIP-质谱找到能够直接调控A稳定性的蛋白，如果有B，那皆大欢喜，积极验证并阐明B调控A稳定性的机制即可（最好定位到具体氨基酸位点，这才叫机制！通常都是泛素化、磷酸化等）。如果没有，那就比较复杂了。找到能调控蛋白稳定性的功能性分子C，然后用CoIP等实验方法将C和B连接起来（大部分情况都是逐级磷酸化等修饰方式）。虽然这里只是B-C，但实际情况可能是B-B1-B2…C，这种情况只能祝自己好运并积极思考验证，虽然很繁琐，但如果能阐明这个过程的具体机制，10分以上的正经期刊是绝对没有问题的。
所以看你提的问题很简单，我说的也比较简单，具体到实际可能是指数级上升的难度，但换个角度，如果没难度，没有那么多unexpected，那10-20分文章大家都可以随便发了，是吧？
供参考。
