Multi-omics Hammer软件之基因长度计算

上一篇推文主要介绍了一下Multi-omics Hammer软件的Primer工具箱，本篇就介绍一下如何使用该软件的Genome relate工具箱进行基因长度的统计。更多内容见底部。

一 功能开发

基因长度统计，其实看起来是个不实用的功能，但是在某些特殊的情境下，也是不可忽视的。比如说构建载体查看插入片段的基因长度，亦或者需要对某个基因组的所有基因的序列长度分布进行统计时，批量序列长度的统计都是不可或缺的。因此，本软件结合这一现象，推出了这一简单但实用的功能。

二 软件调用

介绍完上述功能需要解决的问题，下面便介绍如何通过软件完成相关分析。

2.1 我们需要先打开‘Genome relate’菜单，如图1所示。

图1

那么，我们就可以看见我们的Genome_relate对话框了（图2）。这一对话框运算部分提供了两个选项，分别是‘is save’和‘simple alig?’选项。如果复选框勾选了‘simple alig?’选项，用户就可以用对话框中的数据进行运算。除了上述选项外，本对话框的其他界面元素也将以行为主进行逐一介绍。

多选框：可以选择序列长度统计（Count_sequence_length）、序列提取（extract_sequence）、进化树名称修改（ptree_rename）和基因名批量修改（fasta_rename）。

Matching files：需要统计的文件。

Search file：用于检索的文件（序列统计功能不需要使用）。

Result Previem：结果预览。

Output files: 指定用于输出的文件。

最后，最重要的选项就是‘start’选项了，点击后即可直接进行运算。

图2

另外，为了方便用户了解这一功能，本软件也提供了示例文件，通过点击图2的方框3的‘load test’选项即可加载示例数据，如方框4。随后，点击‘start’即可得出结果。当然，用户也可以直接将文件拖入进入相应的为对话框（输入文件对话框）。如图4所示，用户可以直接将文件分别拖入到对话框中，软件会自动识别并加载数据。注意：如果直接将文件拖入这个对话框，则会直接读取文件的内容，并展示前100行的数据。而结果文件对话框只会显示文件的路径。因为，已经提供了结果预览部分。

图3

如果用户想要切换方法，可以在多选框部分下拉菜单中重新选择。

图4

2.2为方便用户了解产生的结果文件，下面将展示一下输入数据和结果数据，功能较为简单，此处便不再赘述。

输入数据为：

结果数据为：

三 惯例小结

除了批量统计序列长度外，Genome relate工具箱还提供了其他的功能，并且这些功能也将在之后的推文中逐一介绍。另外，如果读者觉得还有什么功能需要实现，也可直接通过公众号留言。不过还是那句话，改进的进度可能要全凭本人时间安排，无法强求（如果有较大意义，也会尽快实现）。最后的最后，欢迎大家多用Multi-omics Hammer软件，多提宝贵建议。也欢迎大家多关注公众号（见个人介绍）。

软件下载地址：

https://github.com/wangjun258/Multi-omics-Hammer