今天遇到了这个问题，但是搜索了好久也没找到真正的解决办法。后来找到了这个网站，按照里面提供的方法解决了。看到其他小伙伴也有同样困惑。我把网址贴出来，供大家参考。
参考网址：https://warwick.ac.uk/fac/sci/moac/people/students/peter_cock/python/genbank2fasta/
感谢贵网址（
https://warwick.ac.uk/fac/sci/moac/people/students/peter_cock/python/genbank2fasta/
）提供的帮助。如需引用请正确使用奥。
有一点小小的问题给大家提醒一下，我在从gbk文件中提取蛋白质序列时，直接复制了网址中的对应内容，更改文件名之后运行，提示错误。是因为print "Dealing with GenBank record %s" % seq_record.id 这行没加括号。加完括号就成功啦。
