identifying significant metabolic cooperators and competitors between bacterial species pairs. 

识别细菌物种对之间重要的代谢合作者与竞争者

PhyloMInt安装

单独创建一个conda的环境

source ~lishasha/.miniconda3_env 

conda create -n PhyloMInt python=3.8 -y  #指定python的版本

conda activate PhyloMInt  #激活环境安装其他依赖的软件

git clone https://github.com/mgtools/PhyloMint.git       #下载软件

export PATH=/usr/lishasha/biosoft/PhyloMint:$PATH       #应用程序放在自己的环境里

export PATH=/usr/lishasha/biosoft/PhyloMint/lib/FragGeneScan1.30:$PATH         #应用程序放在自己的环境里

conda install pandas numpy networkx -y   #安装依赖的python包

conda install -c conda-forge python-libsbml -y   #安装依赖的python包

# 若conda安装失败（如源中无对应版本），用pip安装

pip install python-libsbml

conda install -c bioconda carveme -y       #安装PhyloMInt 依赖的软件

我没有报错，你们报错了，可以看看是不是自己的环境有问题

PhyloMInt的使用

source ~lishasha/.miniconda3_env 

conda activate PhyloMInt 

PhyloMInt -c ./genome --outdir outdir -o PhyloMInt_output.tsv     

#./genome放置你关注的基因组