刚刚尝试用conda管理自己用的一些生信软件,这里记录常用的一些命令
linux系统上下载并安装conda:
wget -c https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda2-latest-Linux-x86_64.sh
bash Miniconda2-latest-Linux-x86_64.sh
后续具体步骤参照 ——-生信技能树conda管理生信软件一文就够
查看是否成功安装
source ~/.bashrc
未出现任何提示,说明安装成功,进行下一步调用conda命令
conda --help
若出现“conda command not found”这样的语句,则可以通过编辑~/.bashrc文件
vim ~/.bashrc
在~/.bashrc文件结尾加上
export PATH=~/具体conda安装路径/bin:$PATH
退出后,再次执行
source ~/.bashrc
conda --help
配置conda镜像
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes
source ~/.condarc
通过source ~/.condarc查看现有环境配置镜像,vim命令可以编辑 ~/.condarc删除失败的镜像。
创建小环境
conda create -n +创建环境名称
查看小环境
conda info -e
进入小环境
source activate +环境名称
查看小环境已安装的软件
conda list
安装相应版本的软件
conda install PACKAGENAME==VERSION
查找相应的软件包
conda search PACKAGENAME
退出小环境
conda deactivate
移除小环境
conda env remove --name bio-env