SPADES安装和组装
安装
tar zvxf /disk1/shares/SPAdes-3.12.0-Linux.tar.gz -C ~/Biosofts/ # 从事先准备好的压缩包里解压SPAdes-3.12.0
cd Biosofts/SPAdes-3.12.0-Linux/cd bin
./spades.py -h # 运行
配置环境变量
echo 'export PATH=~/Biosofts/SPAdes-3.12.0-Linux/bin:$PATH' >> ~/.bashrc
source ~/.bashrc
测试一下：spades.py -h
效果图
组装基因
spades.py --careful --pe1-1 /disk1/shares/Seqs/test_7942raw_1.fq.gz --pe1-2 /disk1/shares/Seqs/test_7942raw_2.fq.gz -o ./SPAdesout
注：这个过程有点长，建议在执行之前使用screen创建一个窗口运行，之后关闭终端也可以继续跑程序。
或者使用 nulop ....&挂在后台运行，千万不要使用Ctrl+Z再使用bg在后台运行，因为这样会让屏幕出现滚屏的现象，干扰我们的命令输入
Velvet
一、下载
sudo apt-get install velvet
velveth测试一下
结果图
运行
velveth velvet_out 31 -shortPaired -fastq -separate /disk1/shares/Seqs/test_7942raw_1.fq.gz /disk1/shares/Seqs/test_7942raw_2.fq.gz # velveth接受输入的文件，产生一个hash表；生成两个文件：Sequences和Roadmaps
velvetg velvet_out -exp_cov auto -cov_cutoff auto -very_clean yes # 组装基因组
二、源代码下载
wget https://github.com/dzerbino/velvet/archive/refs/heads/master.zip
#这里需要服务器端的FTP与上方的github.com的地址配置完善
没有配置好的：
运行结果
配置好的：
image.png
可以使用ping 查看是否能与该网站进行通信
ping成功的
未成功的
注：这里我找了目前的一些网站，都没有能下载，上面图中下载成功的是我换用另一个服务器进行下载的，没想到能够下载成功。同学们有时候下载不了的时候可以换一个服务器尝试一下。
然后我是用scp服务将其传递过来
scp -r user290@gs91.genek.cn:/home/user290/.singularity/master.zip /disk1/202031107010230/myfile/
第二种方法：从事先准备好的安装包里面进行解压文件获得
tar zvxf /disk1/shares/velvet_1.2.10.tgz -C ~/Biosofts/
编译源代码文件使之执行
make 'CATEGORIES=10' 'MAXKMERLENGTH=127' 'LONGSEQUENCES=1' 'OPENMP=1' 'BUNDLEDZLIB=1'
编写：vi kmerselection.sh
#!/bin/bash
#循环产生步长为8，范围为27-131的拼接结果，并且存储在文件夹之中
Data1=/disk1/shares/Seqs/test_7942raw_1.fq.gz
Data2=/disk1/shares/Seqs/test_7942raw_2.fq.gz
Velvet_dir=~/Biosofts/velvet_1.2.10
for k in `seq 23 8 127`;do
mkdir velvet$k
$Velvet_dir/velveth velvet$k $k -shortPaired -fastq -separate $Data1 $Data2
$Velvet_dir/velvetg velvet$k -exp_cov auto -cov_cutoff auto -very_clean yes
done
运行脚本
chomd 777 kmerselection.sh # 给脚本加入权限
./kmerselection.sh
循环产生各个kmer的结果
运行效果图
安装quast
尝试运行
./quast.py
效果图
配置环境变量
echo 'export PATH=~/Biosofts/quast-5.0.0:$PATH' >> ~/.bashrc
source ~/.bashrc
代码块
quast.py -o compare\
> _velvet_kmer velvet23/contigs.fa velvet3
velvet31/ velvet39/
> _velvet_kmer velvet23/contigs.fa velvet3
velvet31/ velvet39/
> _velvet_kmer velvet23/contigs.fa velvet31/contigs.fa velvet39/contigs.fa \
> velvet47/contigs.fa velvet55/contigs.fa velvet63/contigs.fa \
> velvet7
velvet71/ velvet79/
> velvet71/contigs.fa velvet79/contigs.fa velvet87/contigs.fa \
> velvet95/contigs.fa velvet103/contigs.fa velvet111/contigs.fa \
> velvet119/contigs.fa velvet127/contigs.fa
#“>” 大于符号是由于在命令行输入\再加回车之后产生的
结果效果图
运行结束后找到输出目录
效果图
下载俩个HTML文件到Windows查看基因拼接效果
repot.heml
icarus.html
本文来源于学习笔记，来源：课程为生物软件安装与应用的小明老师。
