第一部 危机纪元 1-7年 （云天明的大脑被放入探测器飞向三体舰队。）
1、云天明（航天专业毕业）身患绝症决定安乐死，同学因借用创意送来巨款，云天明为暗恋的同学程心买了颗恒星。
2、程心航天专业毕业后进入行星防御理事会工作，参与阶梯计划，原计划载人深入三体舰队，但由于载重问题，上司维德建议只送一个人类大脑去三体舰队。他认为三体人的技术能够与大脑沟通，甚至还原出整个身体。
3、程心得知同学云天明患绝症，在他执行安乐死的过程中闯入并阻止了他，劝他捐献大脑给阶梯计划，云天明在痛苦的抉择中答应了。
4、云天明的大脑被放入探测器并发射，但探测器偏离预定轨道与地球失联。程心在最后时刻知道恒星是云天明所赠，悲痛不已。程心自愿作为阶梯计划的联络员，被冬眠派往未来。
第二部（第一部200年后）程心刚成为执剑人就遭“水滴”袭击，犹豫再三没有向宇宙发射广播，人类被驱赶至澳洲。但远在太空中的“万有引力”号发射了广播，三体舰队得知后仓皇撤退。
一、威慑纪元 12-13年
“青铜时代”号太空舰被诱导返航，舰员被定为反人类罪。同时，太阳系舰队派出“万有引力”号，与两个“水滴”探测器一起追击仍在流浪的“蓝色空间”号太空舰。
二、威慑纪元 61-62年
1、程心在冬眠262年后苏醒，天文学女博士AA带她四处参观，感受世界和科技巨变。罗辑54年来一直作为执剑人，掌握引力波宇宙广播的发射开关以威慑三体世界，但最近罗辑被控告有世界灭绝罪，需要选出新的执剑人。
2、程心的前上司维德（同样经历了冬眠）想成为执剑人，认为程心是个劲敌，谋杀程心未遂，锒铛入狱。
3、程心成功成为执剑人，并进入地下威慑控制中心，与多年来精神紧绷、坚守岗位的罗辑交接。
4、程心刚接过控制器十五分钟，就接到“水滴”攻击地球的信号。如果按下按钮向宇宙发送暴露三体世界位置的广播，三体世界将被高级文明清除，同时太阳系的位置也会暴露，并面临被清除的风险。程心内心挣扎后没有按下按钮，“水滴”摧毁地球上的三个引力波发射中心。
5、智子AI（三体世界在地球派驻的机器人）对程心说，三体世界早已看出程心太单纯稚嫩，一定不会按下按钮发射广播，所以选择在此时发动攻击。并指出，罗辑和维德才是真正具有威慑力的执剑人。程心内心十分自责。
6、与此同时，在太空中，与“万有引力”号太空舰同行的“水滴”突然发动攻击，企图摧毁“万有引力”号上的最后一个引力波宇宙广播发射装置。然而，水滴遭到了破坏，这是由于“蓝色空间”号舰员发现了太空中的四维碎块，因此可以通过翘曲点进入四维空间，拆解三维物体有如探囊取物。舰员们得知地球正面临危机，经公投后向宇宙发射了暴露三体世界位置的引力波宇宙广播。（然而此时，地球上的人们和智子AI还不知道这件事，三体世界信心满满地认为“水滴”已将两艘太空舰摧毁，再也没有广播发射装置可以威胁到他们。）
三、威慑结束后第一年
1、三体舰队突然加速至光速，预计将在一年后到达地球。智子AI传达三体世界要求，命令人类在一年内全部移居澳洲并解除武装。在水滴的威胁下，一年后41亿人全部移民至澳洲，生活条件恶劣，冲突和内乱不断。
2、智子AI要求治安军摧毁电力和基础设施，并宣布未来三个月人类将进入农业社会，食物不够就自相残杀，直至剩下三千万至五千万人为止。
3、就在绝望之时，“万有引力”号太空舰已于一年前发射了宇宙广播的消息传来。由于三体世界和太阳系的位置均被暴露，三体舰队仓皇转向，人们得以离开澳洲回到家乡。
第三部（第二部后6年）三体文明遭受打击被摧毁，云天明通过童话向人类传递逃脱打击的关键信息。
一、广播纪元 7 年
1、6年后，人类探测到三体星系被一个光粒摧毁。智子AI向程心和罗辑透露，三体世界毁灭得如此快是因为三体星系看起来更危险，但拒绝透露原因，并表示有可能向宇宙发布免遭打击的安全声明，但拒绝透露方法。
2、人类试图寻找各种可能的安全声明方案，智子AI透露云天明要见程心。
3、程心准备在太空艇上与云天明远程通话，决定尽可能设法套取信息，但如果谈话内容涉及三体世界的机密，智子可随时引爆太空艇杀死程心。
4、程心通过屏幕看见完好如初的云天明（三体人获取云天明的大脑后，成功复原了云天明的身体），云天明小心翼翼地通过三个童话试图向程心传递信息，成功瞒过了智子。
5、经多方研究，云天明童话中隐藏的两个关键信息被发现：1.三体的光速飞船靠空间曲率驱动；2.宇宙安全声明即设法将光速降低至第三宇宙速度，这时光将无法逃脱太阳引力，太阳系将变成一个类似黑洞的黑域，对其他文明来说这是一个绝对封闭的安全的世界。
6、同时，掩体计划诞生，即以木星等作为太阳受打击时的掩体，在这些行星背面建立太空城。（小说中地球文明面对更高文明打击时的三条生路：1.掩体计划。2.黑域计划。3.光速飞船。）
二、广播纪元8年
1、警报被误读，人们争相乘坐太空穿梭机去木星避难，太空港发生骚乱和大量伤亡。
2、预警系统发现三体世界的曲率驱动光速飞船会产生航迹，因此其他文明观测到航迹后，认为三体世界更危险并迅速将其清除。为避免地球被暴露，人类社会立法禁止了光速飞船研究。
3、出狱后的维德劝程心把她的星环公司及正在研发的光速飞船交给自己，只有他有魄力完成这项危险的工程。程心同意了，并与AA一起冬眠，并让维德许诺，如光速飞船计划威胁人类生命，要唤醒程心并由她做最后的决定。
第四部 （第三部后62年）人类按照掩体计划迁至太空城，程心命令维德停止光速飞船研发。
1、冬眠62年后，程心被唤醒。按照掩体计划，此时绝大多数人类已迁至土星、天王星和海王星背面的太空城。
2、维德正秘密研发光速飞船，已掌握核心技术，预计还需五十年就可以成功。由于光速飞船违法，维德利用反物质武器与政府对峙，并遵照承诺唤醒程心来做决定。程心担心反物质武器对太空城造成灾难性破坏，命令维德放弃抵抗。维德被处死，程心和AA继续冬眠，打算等地球受到打击时苏醒（看到这里真是气死了，敢情程心出来是来捣乱的啊）。
第五部（第四部后56年）太阳系被二维化，程心和AA驾唯一一艘光速飞船逃离。
1、银河系中另一个高级文明的清理员“歌者”观测到三体世界遗迹，通过三体世界与太阳系的通讯定位了太阳系的位置，并决定将其清理。由于太阳系结构较复杂，用光粒清理会有死角，于是“歌者”向太阳系发射了一张小纸片（即二向箔，可以将三维世界二维化，造成毁灭性打击）。
2、人类发现一张小纸片来袭，派出两艘飞船近距离探测，有人猜出其原理，并计算出只有达到光速才能逃脱，但此时二向箔已经开始生效，将周围空间逐渐二维化。
3、政府发布警报，程心和AA被唤醒，并被要求乘星环号飞船去冥王星的地球文明博物馆，管理员正是罗辑。
4、程心、AA和罗辑在冥王星上目睹各太空城、各大行星和太阳被二维化的悲壮场面，罗辑告诉程心和AA，她们所乘坐的星环号是唯一一艘可光速运行的飞船，并拒绝同她们一起离开。程心和AA决定乘飞船飞向程心的星星，身后的太阳系已经被压成一幅宏伟的巨画，她们是仅存的人类。
5、在航行过程中，程心发现，光速飞船产生的航迹能将光速降低，产生黑域。程心这才明白，光速飞船才是真正的活路。想离开太阳系的人可以乘光速飞船离开，想留下来的可以利用光速飞船制造黑域，向宇宙发布安全声明。云天明指出了这条活路，但她在阻止维德研究光速飞船时，就将这条路堵死了。她两次处于仅次于上帝的位置上，却两次以爱的名义把世界推向深渊！！！
第六部 程心来到自己的星星，云天明造访并送了一个小宇宙，二人却被时间隔开。
一、银河纪元409年
1、程心和AA飞行了52个小时，但此时太阳系已过去286年。最后，“星环”号降落在程心拥有的恒星附带的行星“蓝星”上，巧遇“万有引力”号太空舰上的学者关一帆。关决定带她们去“万有引力”和“蓝色空间”号建立的新世界。
2、关一帆向程心讲述宇宙战争中对空间维度和光速等宇宙规律的残酷运用，并推测宇宙诞生时是十维的，光速也无限大，由于宇宙战争才呈现今天的面貌。关一帆和程心乘“亨特”号小飞船去探察另一颗行星上的造访者，并在造访者着陆处发现“死线”轨迹。
3、关一帆和程心乘回程时，AA通过通信告知云天明造访“蓝星”，并带来一样礼物。程心归心似箭，不料死线受云天明飞船的扰动扩散为黑域，“亨特”号以低光速绕恒星飞行，等待神经元计算机启动的过程中时间飞逝，程心与云天明被漫长的时光永隔。
二、1890万年之后
程心和关一帆降落时，时间已过去1890万年。程心感到悲伤和无力，在不可抗拒的宇宙规律面前，人类如此渺小。探测器检测到云天明和AA在石头上刻下的留言，程心和关一帆共同进入云天明送给他们的礼物——第647号小宇宙。
三、时间之外
1、智子AI出现在小宇宙中，并告知他们可以在这躲过大宇宙坍缩并目睹新宇宙的田园时代，两人开始在此生活，程心撰写回忆录《时间之外的往事》。
2、小宇宙收到大宇宙的广播，号召小宇宙归还质量，以免大宇宙因为质量流失无法坍缩，从而在永恒膨胀中死去。程心出于责任感，和关一帆决定归还小宇宙并到大宇宙中生存。
3、小宇宙探测到大宇宙中勉强能生存的环境，并向大宇宙归还物质，最后只留下装满记忆的微型电脑和装鱼的生态瓶，程心、关一帆和智子AI乘飞船向大宇宙驶去。
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主线人物梳理：
云天明：航天专业。究极“舔狗”。给程心买了一颗星星，身患癌症被程心劝说安乐死，大脑被送到了三体文明。结尾还送了程心一个小宇宙，后来程心进入黑域，他们被上万年的时间分隔开来。
程心：和云天明一个学校一个专业。“圣母婊”代表。执剑人继承者。星环公司董事长。
AA：程心的秘书，结局和云天明在一起了。
关一帆：“万有引力”号舰队上的随行员，最后和程心待在小宇宙了。
智子AI：第一部中三体文明的智子，后来改造成了人工智能，方便三体文明和地球文明进行沟通。
维德：“阶梯计划”执行官。PIA局局长。后来接手程心的星环公司研究光速飞船。
“歌者”：高级文明清理员。向地球发送了二向箔。
