用CAFE做基因家族收缩扩张

以下基于cafe 5版本
cafe5以前的版本，都需要写cafe.script,更麻烦，推荐版本5.
常用的cafe参数为

cafe -i infile -t tree.file -o output_prefix -l fixed_lambda -P pvalue

  1. input文件使用之前做的orthofinder得到的Orthogroups.GeneCount.tsv

  2. 树文件，一般都是自己写
    根据分歧时间的FigTree.tre文件改写
    格式参照cafe说明书
    需注意，树需要为超度量树

3.pvalue默认0.05

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