【病毒组tips】解决DeepVirFinder卡死/运行时间长

解决在使用DeepVirFinder过程中所有进程cpu占用都是0但是进程仍然存在,也没有结果继续输出:主要原因是拼接后的序列过长(超过2 M)

#使用seqkit查看所有拼接后序列长度(这里有几个拼接后的contig>2M)
seqkit stats *.fasta
#将大于2M的序列提取出来
seqkit seq -m 2000000 yours_contig.fasta > output.fasta
#取剩下小于2M的序列继续去跑
seqkit seq -M 2000000 yours_contig.fasta > yours_contig_fitered.fasta

剩下事情就是将过滤出来比较大的contig拆成两个部分去跑,切记每个contig的长度要小于2M。

ps: 转换之后可能序列大小会有所变化,是因为seqkit在序列上加了换行,如果要是想取消掉,则:

seqkit seq -M 2000000 -w 0 yours_contig.fasta > yours_contig.fastaA
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