目前用到的都是比较简单的，但是因为是想起来或者说用到了就来补，所以比较乱...：
一、cut
linux cut 命令提取指定列 - 简书 (jianshu.com)这里超详细~
cut -d',' -f1 --complement in.csv >out.csv 以,为分隔符（因为是csv文件），删除第一列（--complement是取反，如果不加这个参数，命令代表删除第一列并把删除的结果存入out.csv，out.csv里的内容就是第一列的内容）
cut -d',' -f1,2, in_file >out_file 取出第1,2列
二、sed
sed 's///g' in_file 在in_file全文里搜索的基本格式，使用实例如下：
sed 's/ /\t/g' 把空格替换成tab（\t）（s代表替换，g代表全文替换）
sed 's/[ ][ ]*/,/g' filename >new_filename 如果文件是以不同数目的分隔符分隔的：这个可以把n个空格都替换成一个逗号
三、sort
sort -k 1 -n -r -u in_file >out_file
(-k 1 : 根据第一行排序；-n按照数字大小排，默认是按照ASCII码排序；-r 从小到大排序，默认是从大到小；-u 是删除重复项)
四、awk（感觉这个命令很强大但是也有不足，不如利用awk删除的时候，虽然删除了，但是也给文件删除的地方加了空格）
awk -F" " '{if ($1 ~/chr/) $1 = "."}1' in_file >out_file 把第一列中，以chr开头的列的内容替换成.
(-F" " 以空格分隔，也可不加这个参数；1我不知道是干啥，但是不加不行...，awk中$1代表第一个，$0代表整行）
OFS
-v
NF
五、grep
grep "^[^#;]" 提取不以#和,开头的行（空行不会被提取出来）（所以[ ]里的^表否定）
grep -v '^[#;]' 提取不以#和,开头的行（包括空行也会被提取出来）
grep '^[#;]' 提取以#和,开头的行
六、vim
/aa 查找含有aa的内容，并高亮
:noh 取消高亮
:n 让光标跳到第n行
还用过一些，但是当时用了现在忘了，以后再遇到会继续记录在这里
七、paste
paste -d' ' in_file1 in_file2 >out_file 以空格为分隔，把in_file1和in_file2横向拼接（1在前，2在后）
八、mv
改名：当文件名存在空格等非正常符号时：
mv "phenotypes .csv" phenotypes.csv 用双引号把整个名字括起来，用mv改为正常名
移动：
九.ln -s
ln -s 源文件地址/file1.txt file1_1.txt 如果有小任务交代 在当天目录下建立一个file1.txt的软连接（用ll查看，成功的话是蓝色且显示链接的源文件地址）
删除软链接过来的文件file1_1.txt不等于删除源文件
十、
. 当前目录
.. 上层目录（如果是输入绝对路径，一定要/开头）
cd 跳转目录
（如：cd /public/home/hahaha ，如果现在我们已经在hahaha目录下，想回到home目录下，可以： cd /public/home 或者直接 cd ..）
mkdir xxx 建一个名为xxx的文件夹
ls 查看当前目录下所有文件
ll 查看当前目录下所有文件，且显示文件权限，建立时间，文件大小等等信息
ll -rth 显示文件大小的时候显示为xxM这样的，而不是一串数字
ll -h
ll -la 还会显示隐藏文件（如果我没记错的话）
less 查看文件内容（less里也可以像vim里意向用:n跳行数或者用/xx查找关键字，q退出）
less -S 怎么说呢，就是查看文件内容的时候，让文件排的更整齐
rm file 删除（我记得如果文件名里有空格啥的，也可以用“”包起来然后直接删除）
rm -r 文件夹名/文件 逐级删除（删除文件夹）(r：recursive)
cp 原文件路径/file1 拷贝的文件路径/file1 复制文件
（和其他所有命令一样，如果是复制到当前文件夹下，后面的“拷贝的文件路径”不需要加，直接cp 原文件路径/file1 file1_1 就好）
cp -r 复制整个文件夹
~/.bashrc ~目录下（直接cd或者cd ~到达）有个叫.bashrc的文件，里面有很多环境变量配置信息，可在里面配置，配置后 source ~/.bashrc 生效
du -sh * 查看当前目录下所有的文件及文件夹大小
十一、压缩和解压缩：linux 压缩和解压缩命令gz、tar、zip、bz2_cape的博客-CSDN博客_gz压缩命令
gzip：缩后的格式为：*.gz，压缩后不会保留原文件，不能用于压缩目录，如：gzip file
gunzip：解压gz后缀的压缩文件，如gunzip file.gz
zip：可以压缩目录，可以保留原文件（-r递归），zip尾缀
unzip：解压缩
十二、 alias
十三、split
十四、cat
cat 1.csv 2.csv >3.csv 纵向拼接（1在上，2在下）（上面写了横向拼借，这里是纵向）
