运行环境：
conda 4.10.3
conda create -n chipseq python=3.6
conda install -c bioconda parallel-fastq-dump
conda install -y trim-galore
数据文件：从NCBI上下载
wget https://sra-pub-run-odp.s3.amazonaws.com/sra/SRR8557351/SRR8557351
将该数据下载后，经过parallel-fastq-dump转化成fastq.gz
mv SRR8557351 IP_H33K
mkdir fastq
parallel-fastq-dump --sra-id IP_H33K --threads 10 --outdir fastq/ --split-files --gzip
进行fastqc质控
mkdir fastqc
fastqc -o fastqc/ -t 10 IP_H33K_1.fastq.gz
出现了如下报错：
/home/miniconda3/envs/chipseq/bin/java: 8: Syntax error: Unterminated quoted string
咨询大佬后表示可能是java编译环境出问题，软件与java环境不兼容
卸载java和miniconda后重新安装最新版本java和anaconda，报错依旧存在
仔细查看下parallel-fastq-dump和trim-galore软件中的java相应依赖包的文件，发现版本原来是之前清华镜像源上的，尽管能下载，但是下载下来的版本冲突，更换channels
conda config --add channels conda-forge
conda config --add channels defaults
conda config --add channels r
conda config --add channels bioconda
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
更换后重新走一遍上面的流程，尽管fastqc可以运行，但是同样报错：undefined symbol：FT_Done_MM_Var
这个问题就好解决了，应该是libfontconfig.so.1版本的问题，具体解决方式简书上可以轻松搜索到，
更换软连接为libfontconfig.so.1.9后解决。
再次尝试fastqc
Started analysis of IP_H33K_1.fastq.gz
Approx 5% complete for IP_H33K_1.fastq.gz
Approx 10% complete for IP_H33K_1.fastq.gz
Approx 15% complete for IP_H33K_1.fastq.gz
Approx 20% complete for IP_H33K_1.fastq.gz
Approx 25% complete for IP_H33K_1.fastq.gz
Approx 30% complete for IP_H33K_1.fastq.gz
Approx 35% complete for IP_H33K_1.fastq.gz
Approx 40% complete for IP_H33K_1.fastq.gz
Approx 45% complete for IP_H33K_1.fastq.gz
Approx 50% complete for IP_H33K_1.fastq.gz
Approx 55% complete for IP_H33K_1.fastq.gz
Approx 60% complete for IP_H33K_1.fastq.gz
Approx 65% complete for IP_H33K_1.fastq.gz
Approx 70% complete for IP_H33K_1.fastq.gz
Approx 75% complete for IP_H33K_1.fastq.gz
Approx 80% complete for IP_H33K_1.fastq.gz
Approx 85% complete for IP_H33K_1.fastq.gz
Approx 90% complete for IP_H33K_1.fastq.gz
Approx 95% complete for IP_H33K_1.fastq.gz
Analysis complete for IP_H33K_1.fastq.gz
(chipseq) root@ubuntu:/test/fastq#
搞定！
（补充：这类问题后来询问了个做linux的大佬，大佬的回应是虚拟机太菜了，因为本人是之前用的阉割版虚拟机，后来装了VMware，用的ubuntu18.4版本，anaconda也安装了一个比较稳定的4.8.4版本，运行起来更为流畅，不得不说阉割版虚拟机害人不浅呀！）
