霉菌和酵母的计数方法，与菌落总数的测定方法基本相似。
主要步骤为：
将样品制作成10倍梯度的稀释液，选择3个合适的稀释度，吸取1mL于平皿，倾注培养基后，培养观察，计数。
对霉菌的计数，还可以采用显微镜直接镜检计数的方法。
具体检测标准参见：
GB4789.15-94，《中华人民共和国国家标准 食品卫生微生物检验 霉菌和酵母计数》
说明：
1．样品的处理。为了准确测定霉菌和酵母数，真实反映被检食品的卫生质量，首先应注意样品的代表性。对大的固体食品样品，要用灭菌刀或镊子从不同部位采取试验材料，再混合磨碎。如样品不太大，最好把全部样品放到灭菌均质器杯内搅拌2min。液体或半固体样品可用迅速颠倒容器25次来混匀。
2．样品的稀释：为了减少榈稀释倍数的误差，在连续递增稀释时，每一稀释度应更换一根吸管。在稀释过程中，为了使霉菌的孢子充分散开，需用灭菌吸管反复吹吸50次。
3．培养基的选择：在霉菌和酵母计数中，主要使用以下几种选择性培养基。
马铃薯-葡萄糖-琼脂培养基（PDA）：霉菌和酵母在PDA培养基上生长良好。用PDA作平板计数时，必项加入抗菌素以抑制细菌。
孟加拉红（虎红）培养基：该培养基中的孟加拉红和抗菌素具有抑制细菌的作用。孟加拉红还可抑制霉菌菌落的蔓延生长。在菌落背面由孟加拉红产生的红色有助于霉菌和酵母菌落的计数。
高盐察氏培养基：粮食和食品中常见的曲霉和青霉在该培养基上分离效果良好，它具有抑制细菌和减缓生长速度快的毛霉科菌种的作用。
4．倾注培养。每个样品应选择3个适宜的稀释度，每个稀释度倾注2个平皿。培养基熔化后冷却至45℃，立即倾注并旋转混匀，先向一个方向旋转，再转向相反方向，充分混合均匀。培养基凝固后，把平皿翻过来放温箱培养。大多数霉菌和酵母在25－30℃的情况下生长良好，因此培养温度25~28℃。培养3d后开始观察菌落生长情况，共培养5d观察记录结果。
5．菌落计数及报告：选取菌落数10~150之间的平板进行计数。一个稀释度使用两个平板，取两个平板菌落数的平均值，乘以稀释倍数报告。固体检样以g为单位报告，液体检样以mL 单位报告。关于稀释倍数的选择可参考细菌菌落总数测定。
6．霉菌直接镜检计数法：对霉菌计数，可以采用直接镜检的方法进行计数。
在显微镜下，霉菌菌丝具有如下特征：
平行壁：霉菌菌丝呈管状，多数情况下，整个菌丝的直径是一致的。因此在显微镜下菌丝壁看起来象两条平行的线。这是区别霉菌菌丝和其他纤维时最有用的特征之一。
横隔：许多霉菌的菌丝具有横隔，毛霉、根霉等少数霉菌的菌丝没有横隔。
菌丝内呈粒状：薄壁、呈管状的菌丝含有原生质，在高倍显微镜下透过细胞壁可见其呈粒状或点状。
分枝：如菌丝不太短，则多数呈分枝状，分枝与主干的直径几乎相同，有分枝是鉴定霉功得出可靠的特征之一。
菌丝的顶端：常呈钝圆形。
无折射现象。
凡有以上特征之一的丝状均可判定为霉菌菌丝。
观察视野中有无菌丝，凡符合下列情况之一者为阳性视野。
一根菌丝长度超过视野直径1/6；
一根菌丝长度加上分枝的长度超过视野直径1/6；
两根菌丝总长度超过视野直径1/6；
三根菌丝总长度超过视野直径1/6；
一丛菌丝可视为一个菌丝，所有菌丝（包括分枝）总长度超过视野直径1/6。
根据对所有视野的观察结果，计算阳性视野所占比例，并以阳性视野百分数（%）报告结果。计算公式：
每件样品阳性视野（%）=（阳性视野数 / 观察视野数）×100
