2021-06-24

报错

$ fastqc clean_data/Z1-1/Z1-1_1.fq.gz -o 1_fastqc
Started analysis of Z1-1_1.fq.gz
Exception in thread "Thread-1"
Exception: java.lang.OutOfMemoryError thrown from the UncaughtExceptionHandler in thread "Thread-1"

解决办法

对于内存问题(如果你有一些很长的 reads,nanopore 肯定会触发这些问题),那么你可以尝试添加 -t 2 (甚至大于 2)来强制 fastqc 拥有更高的内存分配。

$ fastqc -t 2 clean_data/Z1-1/Z1-1_1.fq.gz -o 1_fastqc
Started analysis of Z1-1_1.fq.gz
Approx 5% complete for Z1-1_1.fq.gz
Approx 10% complete for Z1-1_1.fq.gz
Approx 15% complete for Z1-1_1.fq.gz
Approx 20% complete for Z1-1_1.fq.gz
Approx 25% complete for Z1-1_1.fq.gz
Approx 30% complete for Z1-1_1.fq.gz
Approx 35% complete for Z1-1_1.fq.gz
Approx 40% complete for Z1-1_1.fq.gz
Approx 45% complete for Z1-1_1.fq.gz
Approx 50% complete for Z1-1_1.fq.gz
Approx 55% complete for Z1-1_1.fq.gz
Approx 60% complete for Z1-1_1.fq.gz
Approx 65% complete for Z1-1_1.fq.gz
Approx 70% complete for Z1-1_1.fq.gz
Approx 75% complete for Z1-1_1.fq.gz
Approx 80% complete for Z1-1_1.fq.gz
Approx 85% complete for Z1-1_1.fq.gz
Approx 90% complete for Z1-1_1.fq.gz
Approx 95% complete for Z1-1_1.fq.gz
Analysis complete for Z1-1_1.fq.gz

参考链接

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