Qplotools024-序列对齐，查看序列间的关系

对双末端测序结果进行拼接，我们常常会因为拼不上而烦恼
所以做了一个小工具，用来查看序列间是否存在overlap。
或者用来查看一条序列在母序列中的位置。

示例序列，R1是正向序列，R2是反向序列，merge是上两条拼接结果。

>R1
CGCACCTTCTTGCCCTCGCTGATCAGTTTGGTATCCCCCTC
>R2
AAGGCAGAAGGAATGAAGCTCGAGGGGGAATCCAAACTGAT
>merge
CGCACCTTCTTGCCCTCGCTGATCAGTTTGGTTTCCCCCTCGAGCTTCATTCCTTCTGCCTT

导入序列，选择fasta格式

参数选择

• 可以对每条序列进行反向、互补、去除、截取操作
• 处理好后的序列进行对齐
• 查看对齐结果

image.png

检查序列间的overlap

先去除 merge序列，将R2序列反向互补，然后将剩余序列对齐，overlap就能从结果中看出来了，
结果中还知道有两个AT错配。
如果序列比较长，可以截去R1的前端碱基再对齐

image.png

检查一段序列在另一条序列中的位置

image.png

参考：http://www.bioinf.jku.at/software/msa/
工具更新地址：http://qplot.cn/Qplottools/?inputs&inputapp=%22fastaalign%22
建议下载本地版：https://www.yuque.com/qplot/qplottools/update