其实应该好好理解一下这些分析背后的意义，但是我感觉我还是在跑程序。。
这一步主要做Alpha 和beta 多样性分析
先上代码-计算多样性
qiime diversity core-metrics-phylogenetic \
--i-phylogeny rooted-tree.qza \
--i-table table.qza \
--p-sampling-depth 1109 \
--m-metadata-file sample-metadata.tsv \
--output-dir core-metrics-results
输入的有之前的有根树， OUT表格 然后自己要设置一个样品重抽样深度，这个要根据之前的可视化表格决定,一般是最小的样品的量
输出会有很多东西：
好多东西哈
We’ll first test for associations between categorical metadata columns and alpha diversity data. We’ll do that here for the Faith Phylogenetic Diversity (a measure of community richness) and evenness metrics.
qiime diversity alpha-group-significance \
--i-alpha-diversity core-metrics-results/faith_pd_vector.qza \
--m-metadata-file sample-metadata.tsv \
--o-visualization core-metrics-results/faith-pd-group-significance.qzv
qiime diversity alpha-group-significance \
--i-alpha-diversity core-metrics-results/evenness_vector.qza \
--m-metadata-file sample-metadata.tsv \
--o-visualization core-metrics-results/evenness-group-significance.qzv
之后计算Beta多样性
这里的代码使用的是官网上201802的，和之前2017的有一点点区别，主要是分组的时候
--m-metadata-category 要改为 --m-metadata-column
qiime diversity beta-group-significance \
--i-distance-matrix core-metrics-results/unweighted_unifrac_distance_matrix.qza \
--m-metadata-file sample-metadata.tsv \
--m-metadata-column BodySite \
--o-visualization core-metrics-results/unweighted-unifrac-body-site-significance.qzv \
--p-pairwise
qiime diversity beta-group-significance \
--i-distance-matrix core-metrics-results/unweighted_unifrac_distance_matrix.qza \
--m-metadata-file sample-metadata.tsv \
--m-metadata-column Subject \
--o-visualization core-metrics-results/unweighted-unifrac-subject-group-significance.qzv \
--p-pairwise
之后 可视化三维展示
qiime emperor plot \
--i-pcoa core-metrics-results/unweighted_unifrac_pcoa_results.qza \
--m-metadata-file sample-metadata.tsv \
--p-custom-axes DaysSinceExperimentStart \
--o-visualization core-metrics-results/unweighted-unifrac-emperor-DaysSinceExperimentStart.qzv
qiime emperor plot \
--i-pcoa core-metrics-results/bray_curtis_pcoa_results.qza \
--m-metadata-file sample-metadata.tsv \
--p-custom-axes DaysSinceExperimentStart \
--o-visualization core-metrics-results/bray-curtis-emperor-DaysSinceExperimentStart.qzv
这里我是展示了例子中的代码，实际操作中我根据我自己的分组设置，来得到我要的结果
总的来说，做到后面这几步，只要参数设置正确，操作都可以进行下去。
还有记得 qzv结尾的文件都可以用 qiime tools view 来可视化
