由于我有自己的三代subreads需要组装,我先看一下canu组装的效果,再此之前,先用官方提供的测试数据Escherichia coli K12(来自Pacific Biosciences)进行操作
首先进入canu的官方站
然后找到下载的界面
下载安装canu的方式有两种source code和binary distribution
安装步骤一步步下载安装即可
下载安装好之后,就下载官方提供的Escherichia coli K12的fastq文件
curl -L -o pacbio.fastq http://gembox.cbcb.umd.edu/mhap/raw/ecoli_p6_25x.filtered.fastq
因为我自己的数据是PacBio的,所以我也就下载了Escherichia coli K12的PacBio的测序数据。