生信100-2-测序技术

现在我们实验室或者公司常用第1代测序与第2代测序,那么:

  1. 第1代测序 sanger 测序法的原理是什么?通量比较低的核心原因是什么?
  2. 作为2006年正式发布的illumina测序技术,或者称为第2代测序技术的代表性技术,其最大的特点是什么?
  3. Illumina测序技术的核心是什么?
  4. Illumina测序技术为什么不能像第1代测序技术一样测500bp以上?
  1. sanger法测序及双脱氧链终止法,它采取DNA复制原理,通过在DNA复制过程中添加双脱氧三磷酸核苷酸(ddNTP)终止DNA链的延伸,在DNA链不同位置的延伸终止判断该位置的碱基类型。但是凝胶电泳的时间较长,导致sanger法测序通量低。
  2. 高通量,成本低,但测序长度较短
  3. 核心内容有两个,一个是桥式PCR,主要用于扩大信号;另一个是4色荧光可逆终止反应,使illumina测序可以实现边合成边测序的技术。
  4. 主要的原因有两个,① 经过长时间的PCR,会有不同步的情况。比如一开始1个cluster中是100个完全一样的DNA链,但是经过1轮增加碱基,其中99个都加入了1个碱基,显示了红色,另外1个没有加入碱基,不显示颜色。这时候整体为红色,我们可以顺利得到结果。随后,在第2轮再加入碱基进行合成的时候,之前没有加入的加入了1个碱基显示红色,剩下的99个显示绿色,这个时候就会出现杂信号。当测序长度不断延长,这个杂信号会越来越多,最后很有可能出现50个红,50个绿色,这时信号不足以判断碱基类型;②就是测序过程中合成酶的活性越来越不稳定,后面碱基添加出现问题。
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