写在前面：可视化基因组的工具JBrowse界面还挺不错，生物学数据库中可以加上JBrowse来展示自己的研究成果会更加GDS（gaodashang），小伙伴们不妨一试，此外，官网也有Windows版的安装，也可以本地看序列和注释文件 ，分享给大家linux版云服务器的JBrowse的安装和数据展示。
1. 前置要求
#Ubuntu/Debian
sudo apt-get install build-essential libpng-dev zlib1g-dev libgd2-xpm-dev
#Red Hat/Fedora/CentOS
sudo yumgroupinstall "Development Tools"
sudo yum installlibpng-devel gd-devel zlib-devel perl-ExtUtils-MakeMaker
#Mac OS X (homebrew)
## 需要在APP
Store 安装xcode 或在命令行输入gcc提示安装
xcode-select--install
brew installlibpng libgd zlib
2. 安装
# make a directory that this user can write to
# for ubuntu/Debian that is /var/www/; for centos is /var/www/html
sudo mkdir /var/www/jbrowse;
sudo chown `whoami` /var/www/jbrowse;
# cd into it
cd /var/www/jbrowse;
# fetch a JBrowse release zip file
curl -O http://jbrowse.org/releases/JBrowse-1.12.3/JBrowse-1.12.3.zip
# unzip it and cd into it
unzip JBrowse-1.12.3.zip
cd JBrowse-1.12.3
# run setup.sh, quick start with example data
./setup.sh
解决：
rm -rf extlib
bin/cpanm -v--notest -l extlib/ Bio::Perl@1.7.2
./setup.sh
此外，使用.pl文件显示：
命令：chmod 777 prepare-refseqs.pl
测试：http://域名:端口/jbrowse/index.html?data=sample_data/json/yeast
安装
展示自己的数据：当前位置/var/www/jbrowse
1. 首先设置参考基因组，需要将参考基因组文件格式化成JBrowse里所需要的文件，用bin目录下的prepare-refseqs.pl文件处理参考基因组(这里以人类二进制文件为例)
# bin/prepare-refseqs.pl --twobit /JiangLab/hg38.2bit
执行完上述命令我们会发现Jbrowse目录下多了个data文件，打开如下：测试网址www.域名:端口/jbrowse?data=data，显示即成功
2. 然后加注释文件的tracks，命令如下：
# bin/flatfile-to-json.pl --bed /路径/human_ncRNA.bed --trackLabel ncRNA --className feature2即可
bin/flatfile-to-json.pl --bed /路径/human_peptide.bed --trackLabel peptide --className feature3
3. 在基因组浏览器上选择物种，我们需要更改conf文件：jbrowse.conf和每个物种下的track.conf
JBrowse.Conf中：
[datasets.human]
url = ?data=Homosapiens(human)&loc=chr10%3A59686603..59787319&tracks=DNA%2CncRNA%2Cpeptide
name = Homo sapiens
[datasets.musculus]
url = ?data=Musmusculus&loc=chr19%3A10997612..11100566&tracks=DNA%2CncRNA%2Cpeptide
name = Mus musculus
[datasets.Drosophila]
url = ?data=Drosophilamelanogaster&loc=chr2L%3A16787971..16891884&tracks=DNA%2CncRNA%2Cpeptide
name = Drosophila melanogaster
每个物种下的track.conf中：
[general]
dataset_id = Drosophila <对应的物种名称>
最终显示如下：
添加bw/wig文件的tracks
bin/add-bw-track.pl --label conservation --bw_url /bwFiles/musPeptideConservation.bw --pos_color "red" --neg_color "blue" --plot 1
