自身免疫甲状腺病主要形式是格雷夫斯病（甲亢）和桥本型甲状腺炎（甲减）。
自免甲状腺病的共性是，血清中含有对抗甲状腺素功能系统抗原的抗体。最常见的抗原包括：甲状腺过氧化物酶TPO、促甲状腺素受体、甲状腺球蛋白和钠碘共同转运蛋白。
自身免疫疾病有一定的遗传易感性，同时受到维生素D的调节，维生素D缺乏会提高自免甲状腺疾病的风险。
自免疾病的根源在于肠道的通透性增加（肠漏），导致外源抗原进入血液。在清除这些入侵抗原时，由于分子相似性，造成交叉免疫反应，最终我们自己的免疫系统攻击了自己身体的抗原。
已知有几种原因诱发肠漏。最常见的是饱和脂肪/动物蛋白等食物引起的肠内非益生菌的生长。避免动物制品和高脂肪食物对自免型甲状腺疾病有很好的效果。
另一个可能导致肠漏的诱因是转基因食物。除此以外，吸烟增加女人自免型甲状腺疾病的风险50%～150%。
