利用Ensembl,UCSC,JASPAR数据库进行斑马鱼启动子区域转录因子分析

【壹】 进入 Ensembl genome browser，获取基因pparg的染色体位置

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【贰】 进入UCSC Genome Browser，点击Table Browser，genome选择Zebrafish，输入position chr11: 609,516-669,558，get output， genomic&submit，勾选Promoter/Upstream by 2000 bases & 5' UTR Exons，get sequence，即可获得2k promotor & 5'UTR序列，记录启动子range chr11:669249-671270；将该序列放入ensembl的BLAST/BLAT中进行blast，确认序列的完整性

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【叁】 在UCSC Genome Browser中点击Mydata，Track Hubs，search terms [JASPAR] ，Assembly [danRer10] ，点击Connect进入Genome界面，输入Promoter Range chr11:669249-671270，GO，即可获得预测的转录因子
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进入JASPAR2022 TFBS danRer11设置阈值，根据p-value设置track score，比如500，submit


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在Track中点击关注的转录因子名字即可进入该转录因子的详细界面，如Foxo1


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【肆】 进入JASPAR，搜索自己关注的转录因子如foxo1并勾选，进入scan输入前边获得的启动子序列进行转录因子结合位点的分析，获得结果及相应信息，即可进行下一步的点突变等实验探究

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