利用Ensembl,UCSC,JASPAR数据库进行斑马鱼启动子区域转录因子分析

【壹】 进入 Ensembl genome browser,获取基因pparg的染色体位置

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【贰】 进入UCSC Genome Browser,点击Table Browser,genome选择Zebrafish,输入position chr11: 609,516-669,558,get output, genomic&submit,勾选Promoter/Upstream by 2000 bases & 5' UTR Exons,get sequence,即可获得2k promotor & 5'UTR序列,记录启动子range chr11:669249-671270;将该序列放入ensembl的BLAST/BLAT中进行blast,确认序列的完整性

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【叁】 在UCSC Genome Browser中点击Mydata,Track Hubs,search terms [JASPAR] ,Assembly [danRer10] ,点击Connect进入Genome界面,输入Promoter Range chr11:669249-671270,GO,即可获得预测的转录因子
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进入JASPAR2022 TFBS danRer11设置阈值,根据p-value设置track score,比如500,submit


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在Track中点击关注的转录因子名字即可进入该转录因子的详细界面,如Foxo1


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【肆】 进入JASPAR,搜索自己关注的转录因子如foxo1并勾选,进入scan输入前边获得的启动子序列进行转录因子结合位点的分析,获得结果及相应信息,即可进行下一步的点突变等实验探究

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