1.根据生信技能树的教学视频搜索“GPL16686 r package”，找到了两种方法来解决。
①id_probe <-gse@gpls$GPL16686@dataTable@table
遇到报错：Error: trying to get slot"gpls" from an object of a basic class ("list") with noslots
以为是没有安装“gpls”这个包，于是
BiocManager：：install（“gpls”）
Library（‘gpls’）
id_probe <-gse@gpls$GPL16686@dataTable@table
结果还是出现同样的报错，浏览器搜索没有找到解决办法。
②尝试生信菜鸟团分享的帖子
idmap3
library(devtools)
install_github("jmzeng1314/idmap3")
library(idmap3)
ids=idmap3::get_pipe_IDs('GPL16686')
head(ids)
报错：Error inidmap3::get_pipe_IDs("GPL16686") : your gpl is not in our annotationlist.
提示列表中没有GPL16686
然后运行
data（gpl_list）
gpl_list[,1:4]
查看list，发现list是含有GPL16686的，但就是运行不成功，不知道问题出在哪
然后再试了AnnoProbe
library(AnnoProbe)
ids=idmap('GPL16686',type = 'soft')
报错：Error in idmap("GPL16686",type = "soft") :
This platform is not in our list, please use our shinyAPP to customannotate your probe sequences, or ask us to process and then update the Rpackage!
结果还是没下载下来。
去GEO搜GPL16686看网页的描述，可以看到探针注释情况，但注释文件下载下来3.2G，下载下来要2~3天，果断放弃，另找其他办法。
换了搜索关键词：“GEO ID转换”，还真找到了其他解决办法。
#设置下载方式
options('download.file.method.GEOquery'='auto')
options('GEOquery.inmemory.gpl'=FALSE)
#加载需要用到的R包
library(GEOquery)
library(Biobase)
#下载GPL文件
gpl <-getGEO("GPL16686",destdir = ".")
colnames(Table(gpl))
y=Table(gpl)
head(y)
y[1:4,1:8]
成功下载！但这里要注意查看自己所下载GPL文件的具体信息。有了y就可以继续后续的id转换等分析啦！
借鉴了以下帖子：
