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故事发生在每千年回归一次的彗星造访的一个月之前，日本某个深山的乡下小镇——系守镇。
少女宫水三叶与外婆和妹妹相依为命，每天放学后匆忙回家跟着外婆织线，并承担着家传神社古老习俗的责任。
沉闷封闭的小镇生活渐渐让三叶无法忍受，她向往去大都市，也渴望变成一个男生。
某一天早上睡醒，她突然发现自己竟然睡在一个陌生的时空里，而且真的成为了一个男生。
来到大都市东京的她异常新奇，但也以为只是一个梦境。
与此同时，都市男孩立花泷也穿越到宫水三叶的身体里，变成了一个乡下女孩。之后的两人总是隔三差五交换身体，体验对方的生活，闹了不少笑话。为了保持对方生活的安稳平衡，他们约法三章，并在彼此的手机里记录下每天发生的情况以作提醒。
直到有一天，泷发现自己再也不会变成三叶了。那个每天与他在睡梦里交换身份的女孩好像突然消失了，他的生活恢复了平静，却让他越发牵挂和不安。
不知何时，那个女孩成为了他脑中难以挥去的身影，他决定要去寻找她。
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此时，故事才出现了转折。原本轻快搞笑的画风，变得有点诡异莫测。
当泷终于找到三叶生活的那个小镇时，才知道这个小镇三年前因为彗星陨落而被摧毁，那个与他交换身体的女孩，已经不在人世了。可他明明前段时间还与她交换着联系着，难道，她是一个幽灵么？
电影的最大亮点就在于时间与空间的交错穿越，以及穿越背后让人震惊不已的故事背景。本以为是青春爱情片，没想到竟然是一部科幻片。
不同的地点不同的时间，两个人交叉穿越互换身体。宫水神社的现任神主——三叶的外婆说：
把线绕在一起、把人和人联系在一起都是一种产灵，时间流逝也是一种产灵。我们世代相传的编绳工艺也是一种带有神力的技艺，它反映着时间流逝的状态。
聚拢成形，扭曲缠绕；时而回转，彼此中断，接着又相连。这是编绳，也是时间的象征。
时间就像结，互相缠绕，也许我们就在这个结的两端。
影片的画面非常美，湖光山色，暖暖斜阳，平凡淳朴又广阔空灵的系守镇有一种难以言喻的美。甚至连地铁的移动滑门都纹理清晰，一次次的开开合合，就像一次次的相逢错过。
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男女主角之间的感情，像是懵懂青涩的爱情，又不完全是。更准确的说，是对彼此很重要的一个人。因为曾经在彼此的生活里真切地存在过，甚至潜移默化地改变了对方的思想和生活。
能互相感受到，像同一个人的两个灵魂一样密切。
影片中，系守镇的毁灭消失，慢慢抹去了立花泷脑海中对于宫水三叶的印象，忘了她是谁，忘了自己为什么要找她，甚至忘了她的名字。
虽然记忆渐渐模糊，心里却始终放不下这个人，对他来说好像很重要的人。
于是他执着地去寻找她，就算事过境迁，还是能找到蛛丝马迹，用最后一点希望，喝下口嚼酒，再次穿越，要拯救对方，改变历史。
青春的爱恋强烈而坚定，单纯又美好。因而打动了很多人，想起了年少时的那份情怀。
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明明是HAPPY ENDING的电影，我却看到了忧伤。
相爱的人曾经信誓旦旦，但最终相守的却寥寥无几。
执着的人越来越少，更多的，是彼此散落在天涯，甚至连名字都想不起来。
心心念念的你的名字，曾经是我的心事，曾在日记本上写了多少遍，在心里烙印地多深。然而没有走在一起，最后都会随着时间的冲刷变成普普通通的几个字，再看到，不再心跳加速，不再束手无措。
笔记本蒙了灰不知丢在了什么犄角旮旯里，烙印也早就被填平。
但不可否认你在我心里曾真实地存在过。或许某一天，你也会因为一件事、一句话、一个物件突然想起我。心跳漏了一拍，恍然在昨天。彼此，曾经鲜活地出现在对方的生活里。
即使忘了你的名字，也不能抹灭你来过我生命的痕迹。
只是，相逢原本如张爱玲笔下那句冥冥中注定的缘分：
于千万人之中遇见你所遇见的人，于千万年之中，时间的无涯的荒野里，没有早一步，也没有晚一步，刚巧赶上了，没有别的话可说，惟有轻轻地问一声：“噢，你也在这里吗？”
最终却也只能如陈奕迅唱的那首《好久不见》一样，即使再见面，也“不再去说从前，只是寒暄”。
情深意切的“原来你也在这里”，变成了客套疏离的“嘿，好久不见”。
