组织在红方的卧底算是反复被讨论的，这里我也简单讲一下可能有组织卧底的地方。
日本警察
警视厅高层有内奸是比较公认的。
警视厅高层有卧底的话，各地警察中肯定也有不少内奸。最可疑的就是群马县，毕竟山村操升职实在是快过头了。他性格很迷糊，能力又非常弱，如果这块地方有高层的卧底，那么对于组织来讲这个很适合用来做棋子的人自然要好好把握，所以我觉得群马县这里的高层有组织的人。山村操初次登场时见到有希子，从有希子那里得知柯南是她的“二儿子”，并且被柯南麻醉破案，组织听说了这些事后肯定会联想到毛利小五郎，也就是说其实那时组织就察觉到有异常了，贝姐也是因此怀疑新一变小了。后来山村操多次表示要看沉睡的小五郎还要录像大概也是组织鼓动的。漫画859到861话，有人指出这里山村操很奇怪，明明见过京极真却没认出他，说话断断续续的。我觉得这很有可能是组织见他迟迟没有拍到沉睡的小五郎，又听说柯南身边有个叫世良真纯的女侦探，有点在意就派人假扮山村操（肯定不是贝姐扮的，演技不过关），结果目睹了沉睡的小五郎，还见到了和秀一很像的世良真纯。波本肯定不会上报世良出现的事，不过因为世良像男性，组织认为波本把他当成男性因此认为她不是秀一的妹妹才没有上报，不过心里还是会稍微有点疙瘩。
与群马县临近的长野县也很有问题，疑似是黄昏之馆所在地，但黑田曾在那里担任搜查一课科长，能力强劲的三人组也好好的在那里，那问题应该不是在高层，而是中层，估计与啄木鸟会有一定关系，黑田在破完这个啄木鸟会相关案件后就来东京了，大概楠田陆道手枪的问题就出在啄木鸟会上。另外，漫画里不止一次出现群马县与长野县交界处来的是群马县警察，或许苏格兰暴露身份与此有什么关系。
大阪这里由于有智商天花板之一服部平藏坐镇，应该没有内奸，因此cia才得以在此处活动（伊森本堂曾经的一个活动据点明明服部能轻松找到，但组织居然一直都没有发现），组织肯定也非常想掌控这里以便调查cia活动情况，我前面也说了，本次篇章组织的目标是服部的原因之一就是平藏。
fbi
fbi的问题也有很多人注意到，主要是红黑篇最后因为组织过快得知卡梅隆被卷入案件中。不过詹姆斯肯定不是内奸，原因很简单，他知道的太多了，他要是内奸那完全就是堪比贝姐一般的放海了。
不过在讲内奸前还是先讲一下詹姆斯的情况吧。有人觉得他是内奸是因为红黑篇的降智很奇怪，那么这里就要提到茱蒂了：
注意这里，茱蒂明显注意到楠田陆道有问题，但后面
成功混过去了？
这样看连茱蒂的“降智”都是有问题的，那么再看看詹姆斯的“降智”，我们是否能怀疑他们其实是处于其他目的而故意放水呢？以fbi视角来看，柯南是一个疑似真实年龄并非7岁、极其聪明的、与组织敌对的神秘人物，这样的人他们当然会尝试与其合作，而要合作就必须知道他的能力，因此我认为茱蒂和詹姆斯“降智”是为了测试柯南的能力，当然为了以防万一让赤井也进行行动策划。估计最后赤井把假死计划告诉詹姆斯时还和他讨论了一下柯南的能力，他们应该是认为柯南的能力相当出色。
虽然洗清了詹姆斯的嫌疑，但红黑篇里有fbi内奸却是不假，那个电话音确实有问题。组织作为庞大的神秘集团，不可能允许所有人知道boss邮箱，否则高层这里根本无法处理过于庞大的信息，以酒名作为限制是最起码的。所以当时有其他组织成员的可能性非常大。但这样就意味着组织早就知道水无在哪里了，为什么却没告诉琴酒呢？我想有可能是内奸警察从山村操那里得知有一个和水无长得很像的叫本堂瑛佑的人，想到了那个cia卧底，开始怀疑水无，所以故意不告诉琴酒，想看看fbi的反应。
那么当时红黑篇里的内奸究竟是谁呢？我认为不要把目光局限于有名有姓的人物上，可疑的不就有一个吗：
就是因为她的“失误”，导致大家根本没有时间来找到楠田陆道和组织联系的方法，以至于水无位置暴露。不过在水无被夺回去后，这位内奸应该就走了，毕竟她应该会考虑到fbi在行动失败后怀疑内部有卧底的情况。当然她自然会想办法继续窃听，茱蒂的手机大概是在茱蒂被卡梅隆打晕的时候被动了手脚。为什么我认为是茱蒂的手机被动手脚，是因为后来茱蒂的手机出了问题，不过导致手机有问题的就不是卧底了，而是赤井和詹姆斯。
柯南在红黑篇对fbi表现有点奇怪，宣称自己很信任fbi，但做的事看起来不像是信任他们的样子，我想他那时就在怀疑fbi内有组织成员了，而怀疑的契机应该是满月篇贝姐能迅速找到茱蒂原计划逮捕她的地点并能提前支开他们，这不是有内奸是很难做到的（顺便说一下，贝姐联系卡尔瓦多斯时是出机场的，也许是在那时和内奸碰面了）。赤井应该也怀疑内奸问题，满月篇秀一会出现很可能是担心内奸坏事才过去的，但他为什么会怀疑有内奸得后面说。在那场夜谈后，柯南对秀一说“赤井先生是自己人真是太好了”，应该就是两人确定本次行动中有内奸存在。秀一把这情况通知了茱蒂和詹姆斯，所以在这之后他们强调了窃听问题。秀一和詹姆斯应该是把目光放在了那名“猪队友”身上，不过茱蒂误以为卡梅隆是内奸了……然后当茱蒂的手机被动手脚后，在医院内的詹姆斯马上也对茱蒂的手机动了手脚，并告诉秀一。接着等内奸离开后，通过操控手机信号，使内奸只能听到他们想让她听的内容，包括卡梅隆被卷入案件，也是秀一故意让组织知道的，顺便方便柯南换手机。詹姆斯在知道假死计划后，当茱蒂要用手机验身份时陪着她去，并主动讲一遍水无cia的事，好让茱蒂不要多说话，以便保证内奸只听到秀一“死亡”的信息以及茱蒂悲痛的哭声，这之后把茱蒂的手机彻底弄坏（这个手机好惨……），让茱蒂能换个新手机。
不过fbi内奸大概不会只有她一个，rum篇几乎没有詹姆斯的身影，他可能是顺着这个已知内奸去查其他内奸了吧。
顺便再稍微分析一下詹姆斯吧。虽然他和莫里亚蒂同名，但既然不是黑的，那最有可能是以莫里亚蒂上校为原型，那么詹姆斯很可能有个亲人是组织成员，而且八成是高层的（否则俩人早死了），一直在试图拉拢詹姆斯，因此有时候会为了拉拢而透露一些组织消息，fbi有些情报可能是詹姆斯从这位亲人那里得到的。
英国皇室
为什么会怀疑英国皇室呢？主要还是因为玛丽变小后正好看到柯南实在是太巧了，加上贝姐喂药更倾向于是组织的要求，所以我认为是这里是有问题的。而柯南他们能来伦敦是因为是皇室成员的戴安娜，所以皇室这里八成是有问题的，但戴安娜本人是不是组织成员就不一定了，也许有问题的是她身边的人。玛丽打听新一消息时得到新一是两人陪同，但实际陪同的是阿笠博士（小兰和小五郎在头等舱），不应该得到是两人陪同的结论，也许是有人跟踪了他们。
最后说一下，我觉得管理红方内奸的可能是no.3，波本敢提出去公安说明他知道公安没有组织的人，且有办法保证以后也不会有，如果是no.3管理内奸的话，波本可以通过和他亲密的关系来得知公安没有卧底，no.3也会或多或少听取波本的意见不再派其他人进公安。
