下载Genewise
wget http://www.ebi.ac.uk/~birney/wise2/wise2.4.1.tar.gz
cd wise2-install-dir/wise2.4.1/scr #wise2-install-dir指wise2的安装路径
执行make all安装,如果出现
glib-config command not found
这种错误,这时我们可以修改软件默认的makefile文件,改用glib2的库来编译(不安装glib库,因为这个软件比较老,使用的glib库是glib1的库,现在较新的系统都用的glib2的库),因为不止一个makefile文件,所以我们在wise-2.4.1/src/下用下面这个命令来修改
find ./ -name makefile |xargs sed -i 's/glib-config/pkg-config --libs glib-2.0/'
继续在src目录里执行make all安装命令,如果出现
sqio.c:232: error: conflicting types for 'getline'
这种错误,进到 wise-2.4.1/src/HMMer2目录里执行
sed 's/getline/getline_new/' sqio.c > a && mv a sqio.c
解决2步骤中的问题后,继续在src目录里执行make all安装命令,如果出现
phasemodel.c:(.text+0x3157): undefined reference to `isnumber'
这种错误
修改wise-2.4.1/src/models/phasemodel.c文件, 将文件23行的isnumber改成isdigit
然后继续执行make all安装,一般到这里就可以安装完成了
安装成功后,将以下两条加入环境变量中:
vim ~/.bashrc
export PYTH=$PATH:/public/home/mryuan/software/wise2.4.1/src/bin/
export WISECONFIGDIR=/public/home/mryuan/software/wise2.4.1/wisecfg/
source ~/.bashrc
Attention: /public/home/mryuan/software 是我wise2的安装路径,添加环境变量时,请更改为您自己的安装路径
最后在wise-2.4.1/src/目录运行make test检测软件是否安装成功
参考:
https://jingyan.baidu.com/article/e2284b2b5947e7e2e7118d54.html
http://www.chenlianfu.com/?p=2162](http://www.chenlianfu.com/?p=2162