此视频来自B站，是非常好和全的的一个GWAS操作的视频，从开始准备软件下载，数据过滤，到最后的候选基因注释。
GWAS的实战视频
https://www.bilibili.com/video/BV1f44y1t7Jk?from=search&seid=12908459299918140554&spm_id_from=333.337.0.0
LD
流程：
怎么安装软件：
VCF格式1：不需要填充：
VCF格式2（原始）：需要处理：
首先基因型填充
填充后（PLNIK）：
admixture: k = 1-13
根据VC，选取使用P文件
TASSEL：亲缘关系：
hapmap格式文件：
以下都为：TASSEL
VCF转为hapmap:
GLM使用时，要去除群体结构文件中的最后一列，需要保证三列和小于1.表型文件并且admiture的文件，在表型最前面加如covriances。
MLM加入亲缘关系：
表型数据中为单个表型：两列
安装R包
普通曼哈顿图：
CMplot:
RColorBrewer包调控颜色：
筛选显著值：第二：峰中的其他位点是受最大的影响，所以进行clump清理，根据LD值处理。
染色体注释
上下100kb进行注释。
准备基因位置文件：
基因功能注释文件：
输入文件：
使用perl进行注释：
先基因定位：
再对基因进行功能注释：
有重复的需要删除。
对结果再行筛选
Camoco预测候选基因。安装软件
构建数据库
Camoco的文章：
建立参考基因组：
GFF文件格式：
需要将csv格式，使用最后代码将数据分开。
根系文件：
GO
计算：
test.txt
再进行GO富集分析，网站直接进行。
区段关联分析
PLINK（文件格式转换）和TASSEL（关联分析）进行（windows版本）。
VCF（基因文件）改为ped,map
首先确定基因的目标区段：annotation文件：
从基因里查出内部及上下游50k的所得SNP
导入基因型：
关联分析：数据筛选
数据整合：
关联分析：
LD 分析：
根据TASSEL根据选出的SNP再次进行MLM分析，得到结果后，再次进行LD分析，
将基因型和关联分析结果导出。再使用R进行画图：
关联结果只需要marker，POS，P值，三列。
需要报： LDheatmap， genetics包，读数据：记得加as.is=T
p值转为-log10（）
候选基因还是很多(GWAS步骤)，可以构架一个WGCNA调控网络
基本概念：
主要数据：
基本流程：输入数据
基因表达矩阵：
性状矩阵（必须为数值型数据）
