生信软件BUSCO安装

现在得到一个文昌鱼组装基因组。我希望看看它的质量如何,也就是找组装基因组是否包含许多完整基因、以及N50序列是否达标等问题。

我看到网上教程都是自己去搞配置,设置环境变量,但是conda安装难道不香吗?BUSCO官网也给出了conda安装的方法:(最好是重新创造个python=3.8的conda环境)

conda install -y -c bioconda busco=4.1.2 augustus=3.3.3 

安装好之后,输入busco

报错信息

emm这是“biopython”出了问题了啊。然后我到上面提到的那个网址搜了一下,发现果然是conda安装的有问题。

gitlab 上的问题解答

这时,只要把biopython从1.78降到1.77就可以了

命令:conda install -y -c conda-forge  biopython=1.77    就可以覆盖安装了,而且神奇的是安装完就可以使用了,输入 busco -h 不会报错。

注:本来想用cegma那个软件,但好像六年前就停止运营了……(bilibili上看的教学视频太久远了)

如果你也遇到了同样的问题,应该会有帮助,不过过一段时间应该就修复这个bug了。

2020 09 15 补充:

这样即使安装上了,也不能使用,会报错。博主又尝试了安装busco 4.0.2的版本,和augustus 3.3.3 版本,发现可以使用。(还是需要biopython = 1.77)

注意这个软件只是看测序质量怎么样,虽然调用了augustus,但是它生成的文件比较乱,想要做从头基因注释,还是再用一次augustus吧!

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