所谓“府院之争”，“府”即总统府，“院”即国务院，“府院之争”即总统和总理之争。北洋时期的府院之争有两次，一次是总统黎元洪和总理段祺瑞之争，另一次是总统冯国璋与总理段祺瑞之争。
第一次府院之争
第一次府院之争的激化是在民国六年（1917年）5月府院双方就“对德参战”问题上的不同态度。受美国支持的大总统黎元洪反对对德参战，而受日本支持的国务院总理段祺瑞则力主对德宣战。在国会内部，反对参战的声音也渐渐占了上风，因此在参战问题上，形成了以黎元洪和国会为一方，以段祺瑞和内阁为另一方的府院相争局面。
段祺瑞非常恼怒总统和国会联合阻挠参战案的通过，为了压服反对意见，达到参战的目的，段祺瑞以北洋军团为后盾，于4月25日在北京召开各省督军代表会议，疏通对参战有异见者。而且日英法等国家都赞助段祺瑞，支持中国参战。5月1日，内阁通过参战案，但是黎元洪却将参战案交予国会讨论。大总统此举引起段祺瑞一方的激烈反对，有人称“非去黎元洪，毫无办法”，“国会不通过，便解散国会。”
为了迫使国会通过参战案，段祺瑞嗾使部下组织“公民团”，对国会施加压力，但国会仍未通过，许多议员离职表示反对。最后，段祺瑞不得不以解散国会的方式解决问题。北洋各省督军上呈黎元洪，以对制宪条文扩大国会权力不满为由，要求解散国会，黎元洪则宣称没有法律依据解散国会，声明惟有段祺瑞去职方可解决时局问题。督军团见此举不成，欲采取更为激烈之措施。黎元洪则决定先下手为强，在5月23日下令免去段祺瑞的总理之职，任命外交总长伍廷芳代理其职。
段祺瑞离京赴津，策划解散国会并倒黎，并发表声明，根据《临时约法》，总统无权撤销总理职务，不承认黎元洪的免职令，声称之后一切事不由其负责。在此矛盾激化之时，一心复辟的张勋利用了双方都倚重其搬倒对方的时机，率领辫子军进京复辟。段祺瑞则组织讨逆军，赶走张勋，成了三造共和的大功臣。黎元洪辞去总统职务，由冯国璋担任总统，府院之争至此告一段落。
其实，府院之争由来已久。民国五年（1916年）6月袁世凯死后，任国务总理的北洋首领段祺瑞力主副总统黎元洪继任大总统，因其老实，易于妥协，而且没有什么势力。总统与总理在“就职之初，意见甚融”，不过不久因国务院秘书长人选上双方发生龃龉。段祺瑞欲推其亲信徐树铮任国务院秘书长，但却因徐为人跋扈、盛气凌人而为黎元洪所坚拒。最后在北洋元老徐世昌的劝说下，同意任用徐树铮担任该要职，不过，双方恶感已生成，对黎元洪更没有好脸色。
徐树铮上任伊始，便提出《国务院权限节略》，以此进一步限制大总统的权力。在实际操作中，徐树铮更是“欺黎势孤，凡事专擅”，此举引起黎元洪的亲信政客和支持黎的国会中的国民党系议员。总统府秘书长张国淦愤而辞职，继任该职的丁世铎提出《府院办事手续》，“主张大总统出席国务会议为根本救治”，并认为大总统对国务得自由行使其职权，如对用人不同意得拒绝盖印；阁员应随时向总统面商要政；国务会议事前须将议事日程呈报，会后须将议事记录呈阅。
同时丁世铎又联合内务总长孙洪伊一起对抗徐树铮。后来众议院议员弹劾徐树铮，孙洪伊也欲借此倒阁，此举激怒了段祺瑞，段欲罢免孙，不过黎元洪拒绝盖印。最后，又是徐世昌出面调停，以同时罢免徐、孙二人而结束，但双方罅隙已进一步扩大，终于在后来的对德参战案上总爆发。
这次府院之争实际上反映了民国初建之时，对民主政治制度理论认识的不足，使得总统与总理权责不明而发生争执。袁世凯做了大总统后，为了走上独裁的道路，废除《中华民国临时约法》，颁布《中华民国约法》，无限扩大了总统的权力。袁倒台后，为了继续民主共和的进程，又恢复了《临时约法》。
而当初在颁布《临时约法》时，为了限制袁世凯做了大总统后的权力，便改总统制为内阁制。按照责任内阁制的要求，国务总理应处理具体政务，对议会负责，总统只是虚位元首。
但根据《临时约法》相关规定，其在赋予内阁权力的同时，又保留了总统制体制下国家元首享有的若干权力，据此总统应总揽政务，导致总统、总理权责不清，使得“办理属于大总统之职权事项实际上就在总统府抑在国务院之问题而发生。”这种畸形的政体格局使得总统、总理都据法认为自己才是最终决断者。同时，内阁应是国会中占据多数席位的党派来组织，以期稳定，但是在国会中占多数席位的是国民党，而不是总理段祺瑞所代表的北洋派，这也导致内阁在权限上与总统、国会纠缠不清。
因此，第一次府院之争的最终根源是对民主共和体制理论认识的不足，当然也与拥有重兵的总理段祺瑞自身的军阀性质有关。段祺瑞以强大的北洋军为后盾，而黎元洪的支持者却是没有军权的国会中的一些议员，最终以黎元洪的下台而结束。但是在第二次府院之争中，则是军阀之间的互相争斗。
第二次府院之争
北洋军阀在袁世凯在世时团结一体，但是在袁世凯去世后，迅速分裂为直、皖、奉三方势力。黎元洪辞去大总统职务后，由直系首领冯国璋继任总统，总理仍是皖系首领段祺瑞。双方在西南军阀及广东护法军政府的政策上，产生矛盾。段祺瑞主张“武力统一”，以此扩充皖系势力，而冯国璋则主张“和平统一”，借此讨好西南军阀，保护直系利益。
民国六年（1917年）下半年，正当段祺瑞派兵进驻湖南，开始南北战争时，直系将领发表停战通电。段祺瑞辞职，冯国璋先后以汪大燮、王士珍为国务总理。12月，段祺瑞又策动包括直系将领曹锟在内的北方十督电请冯国璋明令讨伐西南，冯国璋只得让步。
此时，西南军阀陆荣廷提出恢复国会，并主张停战，拥护总统。冯国璋发出停战公告并责成南北两军停止敌对行动。年底，北方十督发表通电，反对恢复旧国会，主张以皖系控制的临时参议会代行国会职权，选举正式大总统，企图“合法倒冯”。冯国璋欲亲自出征西南，但遭皖系将领拦截和奉军入关“兵谏”，冯国璋不得已请段祺瑞再次出任国务总理。民国七年（1918年）9月，安福国会选举北洋元老徐世昌为大总统，冯、段二人同时下野，第二次府院之争结束。
两次府院之争都反映了民主共和历程在中国的艰难，不仅有理论认识的不足，也有实际中军阀的羁绊，民主共和任重道远。
