关于左肾右肾命门的区分，在 《内经》中并无确切描述，统一称为肾，这一千古争议最早源于《难经》，其文云：脏各有一耳，肾独有两者，何也？然：肾两者，非皆肾也，其左者为肾，右者为命门。命门者，诸精神之所舍，原气之所系也，男子以藏精，女子以系胞，故知肾有一也。很多人以此为据有了左肾右命门的学说。

        在中国古代文化中，门是一种很重要的建筑形式，双扇的正门才能称作门，单扇的旁门只能称作户，而命门这么重要的门不亚于宫门，当然是正门，所以左肾右命门不是条文抄错了就是另有所指。

      《内经》虽无左肾右肾命门之论，但命门何在还是给出了一些答案。其文云：七节之傍，中有小心。这个七节是从下往上数，在第二腰椎，正是督脉命门穴的位置。心者火也，小心就是指元阳。而命门为原气之所系，因此命门穴前两肾之间已经是命门的范畴。

        命门不是一个点，它是一颗未成形的丹，自古无数人都想炼出成型的内丹得道成仙。命门为精神之舍，精神之舍正是丹田，丹田乃精气神所藏之处。阴交、气海、石门、关元四个穴位都有丹田的别称，可见丹田就在这四穴之后，而丹田也是命门的范畴。

        有一个穴位要特别说一下，神阙穴。神阙就是肚脐，胎儿阶段脐带以此连接母子为胎儿提供生机，而出生之后脐带剪掉此穴依旧有重要意义。灸神阙可以急救，让人仿佛回到胎儿的状态得到母体的力量。阙在中国古代是一种很独特的建筑形式，通俗说就是在正门外建两个高台也就是外大门，人从外大门进去才能到正门。神阙的意思就是神从这里过去到正大门，正大门是哪里？就是命门，前面已经说过命门不亚于宫门，只有重要的门外才有阙。

        命门的门究竟在哪里呢？男子精宫下有一门，平时闭而不开，交合之施由此门出，女子胞宫下有一门，平时闭而不开，交合之时受由此门入，怀胎生子也有此门出，这不正是生命之门吗？可见命门于男子乃藏于精宫，于女子乃藏于胞宫，男子精宫藏精液所以说男子以藏精，女子胞宫涉及到一个月经的问题，月经就是回到胞宫的血太多了冲破了血脉，充满命门然后从下面的门冲出来了，而命门系胞的系是维系约束的意思，命门中血少则胞门闭，血多则不能约，男子以精为本所以精宫中藏精液，女子以血为本，所以胞宫中精水少来月经则血多。命门之称呼乃是以守卫命门物质的门来代称，就像天安门，不是光有门还有大城楼呢。

        命门之元气君火要从连着膀胱的三焦之根散布出去，所以综合起来看命门的位置就呼之欲出，脐后命门穴前两肾之间下到关元，藏于胞宫（男子精宫）上出胞宫膀胱连接处之脂膜是也，《针灸大成》云：人心湛寂,欲想不兴,则精气散在三焦，荣华百脉。及其想念一起，欲火炽热，翕撮三焦，精气流溢,并与命门输泻而出。

        命门与左肾右肾之间是什么关系呢？在此但就命门左肾右肾简单说一下，能够串联的关于人体的升降循环。《内经》云：左右者，阴阳之通路。因肝藏血，肺藏气。这句话的意思就是左为阳右为阴，左升右降，左主血右主气。命门为人体之根，阴阳精气神均藏于此，精水之轻者归左肾气化升之，其气循肾经入肝水生木成为了肝中清血的成分，清血上归心，经火克金之宣发，金气之肃降而成了真血，真血得天之清气与水谷之精微降又回到了命门将阳气与精微给命门。命门中精水之厚重者经君火之炼化而成元气出三焦，剩下的最厚重的精就是真精，藏到右肾。男子的睾丸，女子的卵巢都附属于右肾，精子卵子都是真精。左肾右肾各有系连于胞宫膀胱连接处，左肾之系实为连膀胱，左肾中不得气化的部分要归膀胱重新气化以不断升清降浊，右肾之系实为连胞宫（男子连精宫），卵子精子经此排出，以男子为例，精宫中只是精液，精子来自睾丸。右肾之精来于胞宫，右肾之系又连于胞宫，除了胞宫无其他连络，命门藏于胞宫中，所以在脉诊中右尺可同候右肾与命门。《难经》为扁鹊所著，扁鹊为脉诊之祖，所以推测其左肾右命门之言很有可能源于脉诊之心得体会。

        有一种人先天缺一肾，而且还有后代，这时左升右藏理论就出现了漏洞，于是我又翻起了叶天士的书(叶天士实乃内经难经后之集大成者，其思维确实过人)，虽然叶天士也没有专门写过这个问题，但是在其批张景岳的文字中还是得到了一点启发，结合天人合一的中医核心观，观察种子发芽和胚胎发育重新思考得出一些推测。种子是先生根后发芽然后就要长高了，人胚胎是先发育肾后发育肝。命门本藏元阴元阳，天一生水，元阳先要打开元阴把元阴推到两边就形成了肾，元阳从两肾之间出来了，木气生，水涵木则生肝。元阳的物质基础是阴精，就像点灯要有灯油，元阳出三焦，元阴归两肾，这就是后天的模式。火想烧的久就要不断填油，这里有一个概念就是灯已经点着了正常情况下只需要加油不需要点火。精水归命门，相火也归命门，这就把精水上到两肾去了，同时加热两肾气化，水化气的上去，没化气的到膀胱，剩下如膏的精就是灯油(膏淋就是肾水不足精都从膀胱出来了，如同阴虚小便涩痛把小肠浊物都尿出来一样)。睾丸被中医称为外肾可见其与肾是一体的，睾丸对应女人卵巢，肾中的精会进去,所以卵巢睾丸都对称长两个。人体左为阳右为阴，右肾比左肾偏阴，阳根为阴，所以也可以说命门之根在右肾，脉诊右尺候命门是无误的。