上一篇文章讲到GMWI2 可以通过对肠道中疾病特征微生物进行定量来预测宿主的健康状态，那本文就接着讲一讲 GMWI2的使用方法与结果解读。
1 GMWI2 安装
参考 https://github.com/danielchang2002/GMWI2 ，在linux 系统下运行以下命令（需提前安装 conda 和 mamba） ：
# 创建新虚拟环境
conda create --name gmwi2_env -c conda-forge mamba python=3.8
#激活虚拟环境
conda activate gmwi2_env
# 安装gmwi2 1.6
mamba install -c bioconda -c conda-forge gmwi2=1.6
2 GMWI2 使用
使用方法很简单，一行命令搞定
gmwi2 -f forward.fastq -r reverse.fastq -n 8 -o output_prefix
-f : 宏基因组原始测序数据一端序列（fastq 格式）
-r: 宏基因组原始测序数据另一端序列（fastq 格式）
-n: 运行时使用的线程数
-o: 输出结果文件的前缀名
运行成功后会出现3个新文件：
output_prefix_GMWI2.txt
output_prefix_GMWI2_taxa.txt
output_prefix_metaphlan.txt
3 GMWI2预测结果解读
3.1 output_prefix_GMWI2.txt ： 直接给出GMWI2 的score值；
scrore > 0 代表粪便供体是健康的； scrore < 0代表粪便供体患病（不健康）；score=0 代表既不健康又不患病
3.2 output_prefix_GMWI2_taxa.txt： 列出用来计算GMWI2 score值的微生物分类表
3.3 output_prefix_metaphlan.txt： 列出使用MetaPhlAn3 预测出的物种及其相对丰度
如何没有宏基因组数据，可以使用 https://github.com/danielchang2002/GMWI2 上提供的宏基因组demo数据tiny_1.fastq + tiny_2.fastq 进行预测，试一试这个工具。
4 GMWI2 的应用前景
4.1 创业公司或许可以将 GMWI2 用于健康评估，更为精准地评价消费者的整体健康状况，直接给出GMWI2 数值，相对于传统的微生物多样性分析出的各种疾病相关性，GMWI2 更加直观。
4.2 研究人员也可以用 GMWI2 来评价药物干预前后实验对象的健康状态，丰富之前根据α多样性指数和特定群微生物数量变化趋势等模糊反应（不能定量）药物效果的评价方式。GMWI2可以通过数值直接反应药物效果。
