QUAST 一种用于评估和比较基因组组装的质量评估工具，其可以使用参考基因组和不参考基因组的情况下对组装进行评估。QUAST 将会生成许多报告、汇总表和图表。此外，QUAST 在最耗时的步骤做了并行化，运行速度相当快。
一、下载
QUAST官网下载地址：https://sourceforge.net/projects/quast/files/
进入页面后，我选择了第一个，复制下载链接：
QUAST会在第一次使用时自动编译所有子部分，因此不需要安装，解压缩即可使用。
命令如下：
wget https://downloads.sourceforge.net/project/quast/quast-5.2.0.tar.gz
tar zvxf quast-5.2.0.tar.gz
cd quast-5.2.0.tar.gz
./quast.py #测试是否可以运行
或
python quast.py --help或python quast.py --version
echo 'export PATH=~/quast-5.2.0:$PATH' >> ~/.bashrc
source ~/.bashrc#添加环境变量
cd~#回到家目录
quast.py --help#再次测试是否可以运行
注意：回到家目录时不能使用python quast.py --help或python quast.py --version来测试
二、用法
1.简化版
quast.py contigs.fasta -o quast_out2
2.全面版
quast.py contigs1.fasta contigs2.fasta -r reference.fasta -g genome.gff -1 reads1.fastq.gz -2 reads2.fastq.gz -o quast_out -t 12
命令解释：
contigs.fasta是必须提供的，即等待评估组装质量的基因组，可以多个同时评估。
-r reference.fasta：参考基因组，可选。提供后有比较基因组的结果。
-g genome.gff：参考基因组的features文件，GFF，BED等格式。
-1和-2：PE测序的FASTQ文件，可选。
-o quast_out：指定结果输出目录。
-t 12：线程。
这里参考文章：
https://zhuanlan.zhihu.com/p/540387011
详细参数的用法：
-o: 输出文件夹，默认为 quast_results/results_
-r: 参考基因组 fasta 文件，可压缩。若省略，则只产生在没有参考的情况下的评估
-g: 包含参考基因组中基因组特征位置的文件，即 GFF
-m: contigs 长度的最低阈值（bp 为单位）。默认为 500bp。不会考虑小于 -m 长度的 contigs
-t: 设置最大线程数，默认为所有可用 CPU 的 25%
-s: 当组装不是 contigs ，而是 scaffolds 时，通过该参数进行拆分；--split-scaffolds
-l: 标签，这里设置的 names 将被用于 reports、plots、logs。设置人类可读的组装名称（assembly names）
-L: 从它们的父级目录中获取组装名称
-e: --eukaryote；代表组装为真核生物，这将影响基因发现、保守同源物发现和重叠群比对；该选项表明基因组不是环状的
--fungus: 表明基因组为真菌。该选项表明基因组不是环状的
--large: 基因组很大（> 100Mbp），使用最佳参数评估大型基因组，这将影响分析速度和准确性
-k: --k-mer-stats；计算基于 k-mer 的质量指标；推荐用于大型基因组，默认禁用
--k-mer-size: --k-mer-stats 选项中使用的 k 的大小。默认值为 101bp。对于杂合度高的基因组使用较小的值。但是，需要注意的是，对于存在大量重复的基因组，非常小的 k-mer 可能会给出不相关的结果
--circos: 绘制 lcarus contig 对齐查看器的 Circos 图。QUAST 未嵌入 Citcos 程序，如未安装 Circos ，则只会创建 Circos 配置文件
-f: --gene-finding；启用基因查找功能。即预测组装基因组中的基因元件
--min-identity: 最小 IDY% 被视为正确对齐。 IDY% 比该值差的对齐将被过滤。默认值为 95.0 %。请注意，无论此阈值如何，IDY% 小于 80.0% 的所有对齐都将被过滤
-i: --min-alignment；对齐的最小长度（bp），低于该值的比对将被过滤，请注意，无论此阈值如何，所有短于 65 bp 的对齐都将被过滤
--plots-format: 绘图的文件格式；支持的格式：emf、eps、pdf、png、ps、raw、rgba、svg、svgz。默认格式为 PDF
--no-sv: 不要运行结构变异处理（仅在指定 reads 时才有意义）
--upper-bound-assembly: 根据参考基因组和给定的 read sets 模拟上限组装（需要 Pacbio SMRT/Oxford Nanopore）。可用于估计理论上可以通过组装工具从该特定 read sets 达到的完整性和连续性的上限。该概念基于以下事实：由于基因组重复长和覆盖区域少，参考基因组无法从原始 reads 中完全重建。若只想得到上限，可设置 --no-sv 和 --no-read-stats 来取消对应附加分析
以上参数只是一部分，更多参数设置可以参考：http://quast.sourceforge.net/docs/manual.html
本文总体参考了一篇优秀的文章：
https://zerobio.github.io/archives/306037846.html
