儒学独尊的地位在晋朝被破除后，到了南北朝时期已经形成多元化的思想。在诸多的思想流派中，出现了以法治国、务实求治的主张（三国曹操与诸葛亮、东晋王导）和《无君论》（东晋鲍敬言）、《神灭论》（南朝梁范缜），提倡“人死则神灭”（北魏邢邵与北齐樊逊）等有价值的观点，也产生了消极颓废、遁世游仙的思想
南北朝的《神灭论》出自梁范缜之手，他提倡“人死则神（神指的是灵魂）灭”等观点。“人死则神灭”说的是人肉身消亡则灵魂也一起消亡，但这却违背了圣经，圣经中说人肉身死亡灵魂是不死的。神永能，神神性，借造物，明可知。特别在威斯敏斯德信条的第三十二章中说了“人的身体死后归土，但灵魂却用永存不灭。”
影响最大的是玄学思想。玄学在南朝十分兴盛，宋文帝时设至玄学馆，玄学与史、文、儒并列四学，清谈益盛。到梁武帝时鼓励提倡经学，但此时经学已经受清谈影响，只注重于辩论之说。隋朝统一后清谈渐渐衰退，直到唐朝中期才终止。由于佛教过度膨胀与糜烂，出现了不少反对过度崇佛的思想家，如南朝梁范缜、北魏邢邵与北齐樊逊，这些人的思想衍生出无神论
由于佛教过度糜烂，出现了很多反对过度崇佛的思想家，衍生出了无神论。人避神，故不认。而神给人的普遍启示则是可以清楚的教导我们关乎神的事实，显示他性情的完美标准，乃是人人皆知的，也是神命定人必须顺服的准则。所以，主张无神论的人都是在抵挡神的显明。显然神通过所造之物将他的事显明出来，但他们不认识还故意抵挡。
范缜是南朝齐梁之间人士，489年在竟陵王萧子良的宴席上发表了反对佛教因果报应论，认为灵魂并不存在。他的观点主要是唯物论的“变化的形一元论”，认为身体与精神都是物质，整个宇宙就是一个物质的动态变化。神灭论处理了“体”、“用”、“变化”、“关系”诸主题，完整概括了“唯物本体论”所应处理之主要范畴。范缜著有《神灭论》与答复反对派曹思文的《答曹舍人》。他的论点引起朝野反弹，曹思文作《难神灭论》，萧琛引“杜伯关弓”、“伯有被介”故事驳之。笃信佛教的梁武帝也展开论战，作《敕答臣下神灭论》，命令他放弃观点。梁武帝组织僧俗六十多人发表文章对范缜进行围攻，引发思想界一场关于“神”（灵魂）灭不灭之理论大战。然而变化的形一元论的涵义与变化广大，几可做无穷尽的推论引申，范缜辩才无碍，众人难以反驳他，最后判范缜为“异端”而流放他。
范缜的观点是“变化的形一元论”：认为灵魂并不存在，身体与精神也都是物质的。而在威斯敏斯德信条，神的创造之工中：神造了人，他们拥有理性与不朽的灵魂。
北朝的邢邵与樊逊等思想家主张无神论。邢邵是北魏后期东魏初期人士，当时佛教受到鲜卑皇室提倡而兴盛。他反对“神不灭论”，主张人死则灵魂就会消失，否定人死为鬼的理论，认为“欲使土化为人，木生眼鼻，造化神明，不应如此。”他还主张类化论，只有同类事物，才可以转化；不同类事物不能转化。类化说显现出物种产生的多元性与差异性。邢邵思想以及他和杜弼争论轮回等问题等都纪录在《北史·卷五十五·杜弼传》与《北齐书·杜弼传》中。樊逊北齐人，554年北齐文宣帝欲封禅泰山，樊逊向齐帝劝谏道教、神仙皆为虚妄。
在北朝的邢邵主张人死则灵魂就会消失，反对“神不灭论”。而在小要理问答的第三十七问中说到：“信徒死时，他们的灵魂在圣洁上达于完全，并且立刻进入荣耀里。”由此可见，人的灵魂不会消亡。
