由OrthoFinder软件可产生大量的分析结果，用于多种分析，下面介绍用产生的文件画系统发育树。

1.基因树(Gene Trees)

根据每个直系同源群推断的系统发育树。

基因树：指基于单个同源基因差异构建的系统发生树。这种树代表的仅仅是单个基因的进化历史，而不是它所在物种的进化历史。

Orthogroups_SingleCopyOrthologues.txt：用来看画基因树应该选择哪一个直系同源群的文件。该文件中每个物种正好包含一个基因的直系同源群列表，即它们包含一对一的直系同源物。它们非常适合进行种间比较和种树推断。

下面以OG0000065_tree.txt(一对一的直系同源物)为例画基因树：

画进化树在线网站:https://itol.embl.de/personal_page.cgi

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图形处理：

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2.解析的基因树(Resolved Gene Trees)

为每个直系同源群推断出有根的系统发育树，使用OrthoFinder复制损失合并模型进行解析。

以Resolved_Gene_Trees文件夹中的OG0000065_tree.txt文件为例：

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3.物种树(Species Tree)

物种树：反映物种实际种系发生的树。

以Species_Tree文件夹中的SpeciesTree_rooted.txt文件为例。

SpeciesTree_rooted.txt：从所有直系同源群推断出的STAG物种树，包含内部节点上的STAG支持值，并以STRIDE为根。

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