分子对接中，要确定大分子的活性位点，如果不知道活性位点可以用blind docking，但此方法在一般情况下可靠性比较低。
那么除blind docking方法，其实还有以下几种方法可供参考：
1、查阅文献，根据文献报道找到活性位点。
2、如果有受体-配体的三维结构，则可以运用配体扩张法，确定活性位点，就是以配体的位置为中心，再向外扩增一定范围，一般为6.5到9埃，这个范围的受体残基就构成了相关的活性位点。
3、利用分子空洞技术列如MOE中的site Finder模块，然后根据经验规律，（疏水残基最多的空洞为活性位点）判断活性位点。
4、Discovery Studio Visualizer (free)观察 配体结合位点，也可事实 from PDB Site records或from receptor cavities确定活性位点。
5、有一个活性位点预测网上服务器 Q-Site Finder地址(http://www.modelling.leeds.ac.uk/qsitefinder/)
6、找一个序列结构类似的有配体-受体复合物的3D结构，与未知活性位点的蛋白进行对比：
1) 在PyMOL中,载入两个蛋白
2) 用align 将未知活性位点的蛋白与配体-受体蛋白进行比对
3) 标记未知活性位点的蛋白残基
4) 保存比对并标记过的未知活性位点蛋白
以上方法摘自BioMS论坛：http://bioms.org/forum.php?mod=viewthread&tid=58。
