作者,Evil Genius
每日bin语

谁能想到写写文章都被攻击。
今日我们分享文献

王凌华的文章,运用邻域的细胞差异组成划分了CAFs的亚型,那么这种方法可不可以运用在免疫细胞上呢?很明显是可以的,但是大家一定要发散一下思维,中山医院的文章告诉我们微环境不仅仅是细胞组成和通讯,还有代谢也会引起免疫抑制和肿瘤逃逸,可见多组学已经在来的路上。

其中基因组的一些知识,大家也是需要掌握的,单细胞分析已经是必备的了。
知识积累
卵巢癌(OC)是妇科恶性肿瘤致死的主要原因。
约50%的OC患者肿瘤内存在肿瘤浸润淋巴细胞(TILs),原发灶中上皮内TILs(ieTILs)与总生存期(OS)正相关。同源重组缺陷(HRD)肿瘤具有更高新抗原负荷、更多TILs及PD-1/PD-L1免疫轴上调,但免疫检查点抑制剂(ICIs)疗效未达预期,目前尚无药物获批。PD-L1表达、肿瘤突变负荷等潜在生物标志物的预测价值仍有待验证。
样本肿瘤类型--BRCA1突变型肿瘤和BRCA1野生型肿瘤。
结果1、OC中TIL浸润的肿瘤内异质性揭示了与不同预后相关的四种CD8+免疫表型
来自5个独立临床队列的697例卵巢癌样本(包含初治与复发配对肿瘤)。
CD8+高浸润(>21个/mm²)患者总生存期(OS)显著优于低浸润组,且与首次手术无残留病灶(R=0)无关。
免疫表型分类
通过将组织分割为均等亚区(ROIs),基于泛细胞角蛋白(CK+)标记区分肿瘤与间质区域,并应用CD8+密度阈值(21个/mm²),在初治卵巢癌中鉴定出四种免疫表型:
- 完全炎症型(肿瘤区域高CD8+浸润)
- 混合炎症型(部分区域高CD8+浸润)
- 排斥型(CD8+限于间质)
- 荒漠型(整体低CD8+)
临床验证
在训练队列中,完全/混合炎症型患者OS显著优于排斥型/荒漠型
在独立验证队列(HiTide-UPENN和NHS/NHSII TMA队列,n=418)中重现此规律,且多变量分析显示混合炎症/排斥/荒漠型的死亡风险比显著升高
基因组关联
HRD阳性肿瘤(尤其是BRCA突变型)富集于炎症型,而HRP肿瘤更多表现为排斥/荒漠型
全外显子测序显示:HRD阳性肿瘤(13/18例)与染色体不稳定性(断裂点数量)正相关,且HRD阳性+炎症型患者预后最佳。

结果2、OC免疫表型的特征在于不同的TIL和髓样细胞状态
CD8+ T细胞亚群特征
- 炎症型肿瘤:显著富集PD1+ CD8+ T细胞(提示耗竭状态),但CD103+(组织驻留)和GzB+(颗粒酶B+)亚群比例无差异
- 排斥型/荒漠型:活化/耗竭/组织驻留CD8+ T细胞密度梯度下降,抗原特异性TILs缺失
转录组特征
炎症型肿瘤:
✓ 高表达T细胞活化/耗竭标志(如CD3+PD1+、CD3+CD8+CD69+CD103+)
✓ 髓系细胞抗原提呈、DC成熟、M1型巨噬细胞特征增强
✓ 补体/细胞因子信号通路激活(提示TILs-髓系细胞互作关键作用)
排斥型/荒漠型:
✓ 上皮-间质转化(EMT)、基质重塑、WNT-β联蛋白通路激活
✓ 与治疗抵抗和预后不良显著相关
临床意义
卵巢癌免疫表型不仅体现CD8+ T细胞空间分布的差异,更反映了TILs与髓系细胞的功能状态分化,这可能是导致患者预后差异的核心机制。炎症型肿瘤中T细胞-髓系细胞网络的活跃状态为联合免疫治疗提供了新靶点,而排斥型/荒漠型的基质重塑特征提示需针对性克服微环境抑制。

结果3、TILs-髓系细胞互作在卵巢癌不同CD8+免疫表型间存在显著差异
终末耗竭CD8+ TILs的功能可塑性
- 新证据表明其功能状态取决于与髓系细胞的互作模式
- 炎症型肿瘤中抗原经历型/耗竭CD8+ TILs的富集与瘤内髓系细胞存在显著共定位
髓系细胞亚群分布特征
炎症型肿瘤:
✓ 高密度CD11c+细胞(但荒漠型也存在,提示标记物单一性的局限)
✓ 富集CD86+pSTAT1+激活型TAMs(与抗肿瘤免疫相关)
排斥型/荒漠型肿瘤:
✓ CD11c+:CD68+髓系细胞同型互作增加
✓ 形成CD8+:CD11c+:CD68+三重生态位,可能干扰CD8+ T细胞共刺激
关键临床关联
- 富含PD-L1+髓系生态位的患者无进展生存期(PFS)显著更差
- 纯炎症型肿瘤特有的CD8+:CD11c+互作生态位与ICI疗法响应正相关
空间互作定量模型:通过细胞邻域分析算法,首次量化不同免疫表型中CD8+与髓系细胞的互作频率
治疗抵抗新机制:发现某些TAM状态可通过破坏CD8+:CD11c+有效互作导致免疫逃逸。

结果4、HRD状态与TILs-髓系细胞互作共同决定复发性卵巢癌的免疫表型演化与微环境架构
重新出现的肿瘤可以重建它们的CD 8+空间分布,并且通过扩展,重建它们的TME。
当根据HRD状态追踪免疫表型的演变时,尽管HRP肿瘤在很大程度上跨越不同的免疫表型并朝向排除或沙漠表型扩散,但大多数复发性BRCA/HRD保持或甚至朝向发炎状态演变。
通过对TILs-髓系细胞空间邻域关系的分析,发现:
复发性纯炎症型肿瘤
- 保持最高频率的CD8+:CD11c+互作
- 提示树突细胞(DC)持续参与抗肿瘤免疫应答
混合炎症型肿瘤
同时富集两种关键互作:
✓ CD8+:CD11c+(T细胞-DC)
✓ CD8+:CD68+(T细胞-TAM)
反映免疫微环境处于动态平衡状态
复发性排斥型肿瘤
主要特征为:
✓ CD8+:CD68+互作优势(与TAMs的免疫抑制性交互)
✓ CD8+:CD11c+:CD68+三重生态位
这种空间构型与原发灶高度相似,表明化疗后免疫排斥模式的"记忆性"。
HRD病例在肿瘤和间质区室中复发时显著增加CD8+:CD11c+ niche,高于HRP病例。
空间互作稳定性:复发肿瘤虽经历化疗筛选,但核心免疫互作模式(CD8+:DC vs CD8+:TAM)保持谱系特异性
HRD双刃剑效应:
优势:驱动DC依赖性抗肿瘤免疫
风险:HRP肿瘤中TAM介导的免疫抑制生态位加速形成

结果5、复发性小鼠卵巢癌模型中T细胞-髓系细胞炎症状态的时序异质性(实验验证)
研究通过基因工程小鼠模型再现了人类卵巢癌的三大关键特征:
HRD依赖性免疫记忆:BRCA1缺失肿瘤通过维持DC-T细胞互作抵抗免疫衰退
化疗耐药机制:BRCA野生型肿瘤通过CAF-TGFβ轴构建免疫抑制微环境
治疗新靶点:
- Brca1mut:靶向CD11c+DC激活
- Brca1wt:阻断TGFβ或补体通路
结果6、ApoE/Trem2信号轴驱动BRCA1野生型卵巢癌的免疫抑制性TAM网络——靶向阻断可延缓复发
BRCA1野生型卵巢癌中TAMs介导的免疫逃逸机制及靶向治疗突破
诊断标志物:
- HRP肿瘤中Trem2/ApoEhi TAMs与CD8+ TILs负相关
- CXCL9+ TAMs可作为HRD肿瘤免疫活化的预测指标
治疗策略:
- BRCA1野生型:TREM2抑制剂联合铂类化疗
- BRCA1突变型:CXCR3激动剂增强T细胞招募

结果6、OC复发过程中恶性细胞状态的演变
BRCA1突变型与野生型卵巢癌恶性细胞亚群的时空演化规律
恶性细胞异质性图谱
单细胞转录组鉴定
发现5种恶性细胞亚群,其动态演变呈现BRCA1状态依赖性:
Brca1mut原发瘤:
✓ 富集Epcamhigh/CD74high/Ptgdshigh亚群
✓ 高表达FGFR信号通路及MHC II类抗原呈递基因(H2-Eb1/H2-Ab1/Cd74)
✓ Ptgdshigh亚群特征:前列腺素代谢活跃,化疗后扩增
Brca1wt复发瘤:
✓ 免疫抑制性Nduf4l2high亚群主导(过表达半乳糖凝集素-1)
✓ CD74high/Mki67high亚群丢失
代谢重编程特征
通过9个元程序(MPs)分析揭示:
Brca1mut特异性:
✓ MP7(干扰素信号/抗原呈递)
✓ MP4(PD-1/谷胱甘肽代谢)
Brca1wt特异性:
✓ MP3(糖酵解增强)
基因组不稳定性与免疫原性关联
拷贝数变异(CNV)分析
Brca1mut复发瘤呈现:
✓ 染色体2/3区段拷贝数增减
✓ Epcamhigh亚群CNV异质性最高
CNV增加与免疫微环境重塑正相关
免疫逃逸双路径
Brca1mut肿瘤:
✓ 通过FGFR/COX信号通路逃避免疫清除
✓ 维持基因组不稳定性以保留新抗原
Brca1wt肿瘤:
✓ Nduf4l2high/Galectin3+亚群驱动糖酵解依赖
✓ 导致APCs功能丧失及T细胞排斥
临床启示
治疗策略分化:
BRCA1突变型:靶向FGFR/前列腺素通路联合免疫治疗
BRCA1野生型:抑制Galectin-1或糖酵解关键酶
预后标志物:CD74high亚群与长期生存正相关
结果8、肿瘤固有的脆弱性和OC复发的机制
干扰素信号与前列腺素代谢:卵巢癌治疗响应的双轴调控机制
干扰素信号的治疗必要性
临床前模型验证:
✓ 阻断IFNAR1使Brca1wt模型化疗疗效下降50%
✓ 显著减少NK细胞和活化耗竭型CD8+ T细胞浸润
机制阐释:
✓ 干扰素信号是化疗诱导免疫原性死亡(ICD)的关键媒介
✓ 维持TME中T/NK细胞的抗肿瘤功能
前列腺素代谢的免疫逃逸作用
HRD肿瘤特异性:
✓ PARP抑制剂(奥拉帕尼)显著上调Brca1mut细胞PGE2分泌
✓ COX-2抑制剂(塞来昔布)可完全阻断该效应
联合治疗突破:
✓ 化疗+塞来昔布组肿瘤体积缩小40%(vs 单用化疗)
✓ 三联维持治疗(奥拉帕尼+抗PD-L1+塞来昔布)中位生存期延长65%(160天 vs 97天)
转化医学价值
治疗策略优化
HRD卵巢癌:
✓ 一线化疗阶段:联合COX-2抑制剂增强免疫原性
✓ 维持治疗阶段:PARPi+免疫检查点抑制剂+COX-2抑制剂三联方案
生物标志物:
✓ 肿瘤细胞CD74high/Ptgdshigh表型预测干扰素通路活性
✓ 腹水PGE2水平可作为COX靶向治疗监测指标
临床研究启示
需重点评估PARPi引起的脂代谢重编程对免疫微环境的影响
针对HRD与HRP肿瘤设计差异化的维持治疗方案

最后来看看方法



单细胞数据分析

