生信学习小组Day1笔记——面壁润

一、写在前面

初次接触到生信星球是在2020年初,还记得当时所拜读的文章为《TCGA(转录组)差异分析三大R包及其结果对比》,然后就持续关注了,文章写的很好,很适合生信零基础的小白学习。虽然自己有自学生信小半年,但我的生信知识体系是混乱的,还需要继续打磨。这次加入生信星球的学习小组主要是想系统学习一下生信入门,补一下生信基础。感谢生信星球的花花姐给予的学习机会以及指导。加油!坚持!

二、太长不看版

那就看思维导图吧

Day1学习笔记.png

三、markdown学习实战版

实战就分析一个GEO数据集吧

GSE27447

该数据集总共包含19例乳腺癌样品,其中14例为非三阴性乳腺癌5例为三阴性乳腺癌。具体如下表:

样品名 类型
GSM678364 non-TNBC
GSM678365 non-TNBC
GSM678366 non-TNBC
GSM678367 non-TNBC
GSM678368 non-TNBC
GSM678370 non-TNBC
GSM678371 non-TNBC
GSM678372 non-TNBC
GSM678374 non-TNBC
GSM678376 non-TNBC
GSM678377 non-TNBC
GSM678379 non-TNBC
GSM678380 non-TNBC
GSM678381 non-TNBC
GSM678369 TNBC
GSM678373 TNBC
GSM678375 TNBC
GSM678378 TNBC
GSM678382 TNBC

R包加载

rm(list = ls ()) #魔幻的一键清空
library (annoProbe) #生信技能树的福利R包,我最喜欢用来注释
library(GEOquery) #下载GEO表达矩阵所用的包  
library(ggplot2) # 万能的可视化画图包
library(ggstatsplot) 
library(reshape2)
library(patchwork)

四、写在最后

时间关系,今天学习就到尾声,明天继续加油!感谢生信星球!

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