下载并安装miniconda
wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-py38_4.8.3-Linux-x86_64.sh
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh #安装
source ~/.bashrc #激活conda
添加镜像
使用镜像网站下载软件
# 使用清华镜像
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes
使用conda
查看当前服务器所有软件列表
conda list
搜索conda软件
conda search fastqc
安装fastqc软件
conda install fastqc -y #-y是安装过程的全部问题都回答yes
conda install fastqc=0.11.7 -y #安装指定版本号的软件，默认安装最新版本
卸载fastqc软件
conda remove fastqc -y
conda 环境
创建不同的conda environment
查看当前conda有哪些环境
conda info --envs
创建环境
创建名为rna-seq的conda环境，安装软件fastqc、trimmomatic
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
激活与退出环境
conda activate rna-seq #激活名为rna-seq的环境
conda deactivate #退出当前环境
