下载并安装miniconda

wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-py38_4.8.3-Linux-x86_64.sh
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh  #安装
source ~/.bashrc #激活conda

添加镜像

使用镜像网站下载软件

# 使用清华镜像
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes

使用conda

查看当前服务器所有软件列表

conda list

搜索conda软件

conda search fastqc

安装fastqc软件

conda install fastqc -y  #-y是安装过程的全部问题都回答yes
conda install fastqc=0.11.7 -y  #安装指定版本号的软件，默认安装最新版本

卸载fastqc软件

conda remove fastqc -y

conda 环境

创建不同的conda environment

查看当前conda有哪些环境

conda info --envs

创建环境

创建名为rna-seq的conda环境，安装软件fastqc、trimmomatic

conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y

激活与退出环境

conda activate rna-seq  #激活名为rna-seq的环境
conda deactivate #退出当前环境