学习小组Day3笔记--涛哥

linux环境下装程序和脚本

安装

  1. 下载程序 wget 链接地址(鼠标右键点击putty粘贴已经复制的东西,左键选中后点击选中的区域复制选中的区域)
  2. bzip2的安装 yum -install -y bzip2
  3. miniconda 的安装。这其实是个脚本,不需要安装直接运行的软件。
    bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
    这个。sh就是wget下载的文件
    一路yes和enter就OK了
  4. Snipaste_2018-08-22_19-05-22.png

    记得激活。虽然激活了。但是没有什么提示反应。应该是只要执行了就没反应,如果错了就会报错吧。linux的逻辑也真是让人不明觉厉啊曹丹
  5. 查看当前所有软件列表 conda list
  6. 搜索软件 conda search fastqc 如果想安装其他什么软件是不是就search相应的东西呢?嘿嘿。我有一个大胆的想法
  7. 安装软件 conda install fastqc -y
  8. 卸载软件 conda remove fastqc -y

建立环境

  1. conda info --envs 前面带*的就是现在的这个环境


    image.png
  2. 建立一个名叫rnaseq的conda环境,然后指定python版本是3,安装软件fastqc、trimmomatic(这两个可以一步完成)这个地方的几个命令是什么意思呢?不明白也没查到。就查到了python、fastqc、trimmomatic分别是三个软件。什么关系呢?

conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y

  1. source activate rna-seq 激活环境,*的位置换到了那个虚拟环境


    image.png
  2. 删除环境 conda remove -n rna-seq fastqc -y
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