一个早晨，野野口修去拜访他的作家朋友日高彦邦，到达地方后，他发现日高不在家，他便沿着日高家的小道去参观，顺便等待日高回来。在樱花树不远处，他发现有一个女人在日高家的樱花树下好像在寻找着什么，那女人发现他之后便匆匆走了，不久日高和他的妻子日高理惠购物回来，便将野野口请到家里。进入日高家里后，野野口就与日高进入日高写作的工作室聊天，不久，藤尾美弥子来与日高谈关于《禁猎地》侵犯了她大哥隐私一事，野野口便准备告辞，把来时拿的香槟送给他们后，理惠就把野野口送到了玄关。
回到家后，野野口称有关于下一部儿童著作的事要商议，便叫来了童子社的大岛。在和大岛议事途中，日高突然打电话过来说有事要和野野口商量，但是大岛还在野野口那里，他们便约了晚上八点在日高家会面。在八点野野口准时到达了日高家，可是日高家一片漆黑，就连日高平时写作的工作室都没开灯，喊人也没回应，不知道什么情况的野野口就去附近的电话亭给理惠打了电话，而理惠很早就去了酒店等日高，所以并不知道家里是什么情况，于是他们俩决定等理惠回来，不久，理惠从酒店回来，他们俩就一起进入日高家，看到日高工作室的门是紧锁的，他们都感到很奇怪，理惠打开门，便看到电脑的屏幕还亮着，于是理惠打开灯，看到的画面是日高倒在地上已经死了。
警察来后就开始处理现场，一名叫加贺的警官负责送野野口回家，后来发现加贺原来是和野野口一起共事过，在回家途中加贺一直在询问关于事发前的情况，以及野野口在做什么，不过并没有什么收获。由于日高彦邦是一位知名作家，所以媒体很关注日高的死，日高的家人包括野野口在内经常被媒体围堵。几天后，加贺又来拜访野野口，虽说是拜访，但是谈话内容像是把野野口当做嫌疑犯一样的询问，以后几天加贺警官几乎是如此，虽然依旧没有太大的收获，但是加贺并不打算放弃自己认定野野口就是凶手的想法。令人惊讶的是，在经过更进一步的调查以及和野野口的谈话中，加贺发现了野野口的漏洞。在经过最后一番心理战后，野野口承认了就是他杀死了日高。
野野口被逮捕后，承认了他的罪行，也非常配合警察结案。本来此案可以就此了结，但是令加贺想不通的是野野口的犯罪动机，而且在询问野野口的时候，他就只是说是自己鲁莽行事。可是，日高和野野口童年的时候就是好朋友，是什么原因让野野口对日高痛下杀手呢？对此，野野口闭口不答。在野野口被逮捕后不久就被查出了癌症，住院期间的野野口依然不愿意说出自己的犯罪动机，野野口越是不说，加贺就无法消除心中的困惑，于是他开始继续在野野口家中搜查，不久他们在野野口家发现了一条女人的围裙，一个项链和一张旅行申请表，并且发现了许多和日高作品一样的笔记，但是这些东西的发现依旧让加贺摸不着头绪，最终野野口对加贺说“你们不要再到我屋里乱翻了，哪里还有别人寄放的重要书籍”，受到这句话启发的加贺顺藤摸瓜地找到了日高初美的照片。
野野口再加贺的一再逼问下说出了自己的杀人动机。
在机缘巧合之下，野野口见到了自己幼年的好朋友日高彦邦，而此时的日高已经成为了一名作家，并且有个妻子叫日高初美。野野口小时候便有当作家的梦想，于是就拿着自己刚写完的作品给日高看，因为日高说可以为野野口推荐出版社，所以野野口的作品就先让日高把把关，一周过去了，野野口询问日高自己的作品是否已经读完，日高说忙于自己的是便没抽出时间看，可是几周过去了日高依旧推辞说没看完，野野口就等的有些心机了。不巧的是野野口病倒了。突然有天初美来拜访野野口，本来野野口就对初美心生情愫，但是碍于日高，只能闷在心里，初美的突然拜访让他们俩的感情急剧升温，所以他们就这么自然而然的在一起了。由于初美告诉野野口日高不是没有时间读他的作品，而是想据为己有，这让野野口心生不满，再加上日高的存在阻碍了他和初美在一起，于是野野口做出了一个大胆的决定，杀掉日高。
在一个寒冬的晚上野野口动手了，当他到达日高家，就有点懊悔为什么没有蒙面，可是为了不错过这次机会，他还是行动了。野野口与初美里应外合，知道此时日高在服用了初美给的带有安眠药的水里后已经睡着了，并且初美已经打开工作室的窗户，关了灯，他便从窗户爬进去，就在纠结把刀子往哪里刺的时候，日高突然醒了，并且制服了野野口。而另他惊讶的是日高非但没有报警还放走了野野口。这其实是噩梦的开始。没想到日高早就识破了他们的计谋，并且引饵上钩，在院子里装了摄像头，把野野口的一举一动都拍了下来，还收走了野野口，行刺的刀。以此为要挟，日高逼迫野野口当自己的影子作家，迫于初美的压力，野野口答应了，就在日高把野野口的作品署上自己的名字出版后，获得了大奖。日高继续要求野野口为他写小说。就在那一天，初美出事了，在过路时被卡车撞死了，这一消息使野野口心灰意冷。但是日高并没有收手，野野口为了初美的名誉，依旧听从日高的。
直到日高即将出国，野野口以为可以摆脱日高的控制，但是没想到日高并没有打算放过他的意思。忍了许多年的野野口终于在日高出发前一晚动手了。
这大概是一个很完美的犯罪动机了吧？但是加贺潜意识里依旧不相信事情就这么简单。于是开始了解日高和野野口的过去。走过了许多地方，拜访了许多人，加贺将他们的说辞慢慢拼凑，发现了让他意想不到的事，这一场犯罪充斥着满满的恶意。
以前的犯罪动机均是野野口一人所述，真正的答案并非如此。
童年时野野口跟着爸妈搬到了日高所在的镇上，在妈妈的耳濡目染下野野口看不起这个小镇，包括日高，但日高却是一个善良而坚定的人，对野野口很好。但是这只让野野口更加厌烦日高。进入高中后，野野口受不了藤尾正哉的欺负便顺从他，成了他的小跟班，他们欺负的对象就是日高，虽然野野口也对日高进行校园暴力，但是日高并没有因此怨恨野野口。后来藤尾正哉看上了一个外校女生，便在一个下午对她实施了暴行，并且还拍了照片，而那个负责制服女生以及拍照片的人就是野野口修。在机缘巧合下，有一张照片流到了日高手里。很多年后，当初的藤尾正哉已经死了，野野口也和成为作家的日高相遇了，日高也未曾提及照片的事，但是野野口的恶意却一直在滋长，终于照片成了导火索，野野口便开始了他的谋杀之路。在他的计划下，日高成为了被人唾弃的不实作家，自己虽然受到了牢狱之灾，但是却可以收获世人的称赞。最终因为加贺的出现，野野口的计划失败了。
这就是东野圭吾的《恶意》，世界上最险恶的东西是人心，恶意这个东西一旦出现，便会在你心里生根发芽，侵蚀着人们的每一寸肌肤，直到触及灵魂，这时的人们就失去了思想，只会被心中的恶意所支配，只需要一个导火索，恶意便会燃烧。
