利用ESTIMATE R包预测肿瘤纯度

ESTIMATE包  用于肿瘤纯度预测

肿瘤微环境中,免疫细胞和基质细胞是两种主要肺肿瘤细胞类型;而ESTIMATE,利用表达谱数据来预测基质细胞和免疫细胞评分,进而预测这两种细胞的含量;最后可以计算每个肿瘤样本里面的肿瘤纯度了,也就是说,基质细胞和免疫细胞含量多,那肿瘤纯度低,反之肿瘤纯度就高了。更多了解可以进官网ESTIMATE

以下可以通过R来实现肿瘤纯度预测:

1、安装R包

2、读入自己的实验数据(可能对RNA-Seq数据的预测不是很准,芯片数据还可以)

#####没有基因名上面个的GeneSymbol可能会出现10412 mismatched的报错信息

3、几行代码就ok

4、结果

OK,到这里就结束了,希望能帮助大家,写这个主要是因为我之前遇到一个小问题,就是出现10412 mismatched的报错信息,然后我在表达谱上面加了GeneSymbol,就欧克了,如有错误,请大家及时指教,谢谢大家!

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