阅读文献Chromatin accessibility changes between Arabidopsis stem cells and mesophyll cells illuminate cell type-specific transcription factor networksATAC数据处理完之后下游所用工具
1.deeptools可视化画热图，所用子命令bamcoverage和comuterMatix
2.对THSs（超敏感位点）进行peakcalling：Homer，Findpeaks
3.THSs基因组的分布：PAVIS（在线网络工具）
4.对于富含特定细胞类型的TS，HTseq的htseq-count或Deseq2(p值<=0.05)
5.对转录因子的基序分析：RAST，DREME，MEME
6.将THSs分配给附近的基因：PeakAnnotator：TSS
7.蛋白相互作用分析：STRING
8.定义转录因子的预测结合位点：FIMO
9.基因本体分析：AgriGO，GO Analysis Toolkit
