GATK软件下载和安装

GATK软件安装

搜索github，自行下载最新版本

Releases · broadinstitute/gatk (github.com)

image.png

右键点击复制链接然后下载

cd biosoft
proxy_on # 开启终端代理
wget -c https://github.com/broadinstitute/gatk/releases/download/4.1.9.0/gatk-4.1.9.0.zip
# 因为我安装了zsh，如果是bash的话，请使用unzip
# 如果没有unzip，则先下载 
# sudo apt install unzip
x gatk-4.1.9.0.zip
mv gatk-4.1.9.0 gatk #改一下名字

#添加环境变量
vim ~/.zshrc 
export PATH=/home/yuansh/biosoft/gatk:$PATH
# 运行显示下面的东西则安装完毕
gatk
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