发表杂志:Journal of Cellular and Molecluar Medicine
PMID:33215860
知识点
- HCCDB:包含15个常见的肝癌数据集
- p-EMT:partial epithelial mesenchymal transition 部分EMT,是EMT的中间状态
科学问题
转移性细胞癌表达一定量的E-cadherin,而处于p-EMT状态的癌细胞具有强烈的趋势适应转移环境,具有更高的转移风险。探讨p-EMT相关基因与肝癌的关系。
整体思路
结果
1.mRNA周边
1.1 表达(N vs T)
1.2 预后
1.3富集分析
1.4 突变+PPI
2.ceRNA网络构建
2.1 miRNA
2.2 lncRNA
3.临床样本验证
感悟:
- 整体思路比较清晰,围绕p-EMT相关基因的周边(表达、预后、突变和PPI),再加上ceRNA网络构建,和临床样本验证,相对思路比较完整。
- 亮点:p-EMT
参考链接:
Comprehensive analysis of partial epithelial mesenchymal transition-related genes in hepatocellular carcinoma