基因组结构注释主要包括三个方面：从头注释（de novo prediction）、同源注释（homology-based prediction）以及基于转录组数据注释（transcriptome-based prediction）。每一种方法都有自己的优缺点，所以最后需要对多个预测结果进行整合分析，从而获得完整的基因结构。除此之外，通过近源物种共线性比对，也可以对研究物种的基因组进行基因注释。
01. 从头注释
- Augustus （准确度较高）
- GeneMark-EX （准确度较高）
- FGENESH （收费）
- SNAP
- GlimmerHMM
- Genscan
02. 同源注释
- miniprot （准确度较高）
- Blat + GenomeThreader （准确度较高）
- Blat + GeneWise
- Exonerate
03. 基于转录组注释
- HISAT2 + StringTie + TransDecoder
- Hisat2 + Scallop + TransDecoder
- Trinity + PASA
- Portcullis
- PsiCLASS （多个转录组数据）
04. 基于基因组比对
05. 整合预测结果
- BRAKER + TSEBRA
- MAKER3
- BIND and MIND workflows
- EVidenceModeler（EVM）
- minos
- REAT
06. 构建Augustus训练模型
07. 重复序列注释
参考链接
https://www.jianshu.com/p/931e9821c45a
https://github.com/harvardinformatics/GenomeAnnotation
