起初，刘宋的中书侍郎、中书舍人这些职务都是由豪门士族的人担任，从宋文帝开始录用寒门出身的人。孝武帝时还混杂遴选士族和庶族出身的人联合担任，巢尚之、戴法兴都掌握大权。
到了宋明帝即位，任用的全是地位低微的侍从，阮佃夫、王道隆等人都参与政事，权力仅次于皇帝。阮佃夫尤其骄纵横暴、肆无忌惮，有人谄媚他时，立刻受赏，偶尔冒犯，便大祸临头。他大肆收受贿赂，送给他的绢如果少于二百匹，则连封信都不回。他的奴仆差役纷纷被破格提拔为官吏，车夫甚至当上了虎贲中郎将，马夫甚至成了员外郎。
河东人柳欣慰等人图谋反叛，打算拥护太尉庐江王刘袆当皇帝。刘袆是宋明帝的哥哥，可是明帝和其他兄弟都对他很轻视，于是刘袆和柳欣慰等人结交，制订计划互相呼应配合。杜幼文向朝廷告发了他们，明帝下诏贬黜刘袆为车骑将军，镇守宣城，柳欣慰等人全部被杀。
不久，有关部门上奏，说刘袆愤恨不满口出怨言，请求彻底处理，明帝下诏，免除刘袆的所有官爵，逼令他自杀，刘袆的儿子刘充明也被废黜，放逐到新安。
南兖州刺史萧道成在军中已经很长时间，民间有传言说萧道成的相貌和普通人不一样，要做天子。明帝听到了这个传言，下诏征召萧道成回京担任黄门侍郎。
萧道成很恐惧，不想回京，可是又没有办法留下来不走，参军荀伯玉劝萧道成派数十个骑兵，深入北魏国境，张贴布告，号召居民起义。北魏果然派出游骑兵数百人，沿边境巡逻。萧道成紧急报告朝廷，明帝这才恢复萧道成的原职，命他继续驻守。
当初，宋明帝还是亲王时，性情宽厚平和，有良好的声誉，只有他深受孝武帝的宠爱。即位初年，对即使是拥护寻阳政权的官员，也大多数都留住他们的性命，加以原谅，而且按照各人的才干，分别任用，像对旧有臣下一样对待。
到了晚年，宋明帝却猜疑、嫉妒、残忍、暴虐，忌讳多端，左右官员只要触犯禁忌，常常有被挖出心脏或剖出五脏的人。当时，淮河、泗水一带多次发生军事行动，当地府库空竭，朝廷内外的百官，全都断了俸禄，但明帝自己却过度奢侈浪费，每次制造器物用具，都要分为正用、备用、次备用，各制三十件，伺候在他左右的亲信当权，则贪赃枉法，贿赂公行。
明帝患病后，因为太子年纪还小，他唯恐自己的弟弟们重演当年的故事，会来篡夺政权。南徐州刺史刘休祐，从前镇守江陵时，贪污暴虐，无法无天，这次调任路过京师，明帝不让他去赴任，把他留在建康。
刘休祐性情暴烈，冒犯明帝不止一次，明帝都记在心中，并且考虑到将来儿子没有能力控制他，所以准备找个机会先把他除掉。
一天，刘休祐随宋明帝前往岩山射猎野鸡，兄弟二人向前奔驰，左右侍从被抛在后面。天将黄昏时，明帝先回宫，派亲信寿寂之等数人，把刘休祐从马背上挤下来，大家一拥而上，将他痛打至死，然后传呼：“骠骑将军落马了！”
明帝假装大吃一惊，立即派出御医，一个接一个地前往诊视，等到刘休祐左右侍从赶到时，刘休祐已经气绝身亡，只得把他所乘的车轮子拆掉，用车厢抬着尸体回府。明帝下诏追赠刘休祐为司空，用厚礼埋葬他。
当时建康民间有传言，说荆州刺史巴陵王刘休若（明帝第十九弟），有最尊贵的面相。明帝把这话告诉了他，刘休若非常忧虑恐惧。
刘休祐死后，明帝任命刘休若接替为南徐州刺史，刘休若的心腹将领一致认为：刘休若一旦回到建康，就难逃大祸。
参军王敬先劝刘休若说：“现在，皇上病重正在弥留之际，朝廷大权全由禁中决定，这些奸恶之徒，准备把皇上的兄弟全部铲除，以此来满足自己的私欲。殿下的名声传播海内，如果接受诏书，前往京师朝见，一定是有去无回。荆州武装部队十余万人，土地数千里，上可以辅佐天子，铲除奸臣；下可以保全一州，救自己一命。怎么可以回到建康家宅，等待接受皇上赐给你自杀的佩剑，使你的妻妾饮泣吞声而不敢埋葬你呢！”
刘休若一向谨慎胆怯，于是假装答应了。王敬先一出王府，立刻派人把他抓起来，把他说的话奏报给明帝，并将他处死。
司徒建安王刘休仁跟明帝刘彧年龄相差不大，一向友爱，在废帝刘子业时代，刘彧每次发生危险时，都是靠刘休仁的机智救他不死。
到了刘彧即位初年，全国四处起兵，刘休仁率军出征，亲冒滚石飞箭，最后终于建立大功，总管文武百官，受到明帝的宠爱和信任。这样一来，朝廷官员、民间人士，都奔走在他的门下，明帝渐渐有些不高兴。刘休仁察觉到明帝的心思，所以主动上疏请求解除扬州刺史的职务，明帝便将桂阳王刘休范为扬州刺史。
刘休祐被杀之后，建安王刘休仁越发惶恐不安。明帝经常跟亲信杨运长等商讨身后之事，杨运长也担心明帝死了之后，刘休仁当政，他们这些人不能独断专行，所以都赞成明帝的计划。
明帝一度病情十分危险，无论朝廷还是民间都把希望寄托在刘休仁主持朝政上，连主书以下的低级官员，都往东府拜访刘休仁的亲信，想预先结下交情，明帝听说后，更为气愤。
五月初一，明帝命刘休仁进宫朝见，不久又通知他说：“今晚你可在尚书下省安歇，明天一早再来。”当夜，明帝派人送去毒药，强迫他吞服。
刘休仁临死前大骂道：“你能得到天下，是谁的力量！孝武帝因为诛杀兄弟的缘故，子孙灭绝，今天你又要诛杀兄弟，宋的统治岂能长久！”
明帝担心有变，提起精神，乘轿到皇城端门坐镇，直到刘休仁气绝，才回后宫，下诏宣布：“刘休仁计划结交宫廷禁卫官兵，阴谋叛乱，朕不忍心把他正法，而只是下诏严厉斥责。刘休仁对自己的忘恩负义畏惧羞愧，不能自容，服毒自杀，可以宽恕他的两个儿子，贬刘休仁为始安县王，由其子刘伯融继承爵位。”
明帝害怕引起公愤，又颁发诏书给朝廷各大臣及地方官员，说：“刘休仁与刘休祐相交很深，刘休仁曾对刘休祐说：‘你只管奉承皇上，这妙法足可以安身，我一向很得益于这种办法。’刘休祐之死，本来只打算为民除害，可是刘休仁却越发恐慌，我每次传他进宫，他都进去向母亲杨太妃告别。春天，我常常与他一块去打野鸡，偶然遇到阴天下雨，不能外出，刘休仁就告诉左右说：‘我今天又多活了一天。’他曾经因为南征的缘故，与皇家禁卫将领一起共事，我前段时间身体不适，刘休仁出入宫廷，见到这些将领，一律和颜悦色，进行安抚慰劳。像他这样的意图，真让人难以预测。事情已经无法阻止了，我反复思考，不得不做这项处分，恐怕你们不一定知道内情，所以特此通告各位。”
明帝与刘休仁素来十分友好，虽然他害死刘休仁，但常对人说：“我与建安王刘休仁年纪差不多，幼年时候，便在一起玩耍，景和、泰始年间，他一片忠心，建功立业，功勋的确不小。虽然到了利害关头，不得不先下手除掉他，哀痛想念之情，却不能排除。”于是痛哭流涕，悲不自胜。
