scaffold水平GWAS分析
自己记录一下学习生信过程中的坑。
使用plink软件进行分析，得到结果之后，由于SCAFFOLD组装条数多，在画曼哈顿图是无法使用所有SCAFFOLD进行，故可选根据阈值提取显著位点
提取gwas分析的显著位点
在根据显著位点提取其对应SCAFFOLD
第一个命令获得显著位点所在SCAFFOLD号，第二个命令生成提取脚本，最后提取
合并SCAFFOLD为一个文件
由于作图使用的R包要求要求染色体\scaffold号为数字，故提取编号进行处理
生成作图所需文件
作图
