RepeatMasker预测基因组重复序列

一、安装

  • conda一键安装
conda install RepeatMasker
RepeatMasker -h
  • 帮助文档

二、预测基因组重复序列

  • 使用方法
mkdir repeat
time RepeatMasker -parallel 2 -html -gff -dir repeat genome_prokka.fasta
  • 结果
  1. *cat：序列与重复序列比对的文件
  2. *masked：N替换重复序列区后的基因组
  3. *out：输出结果格式
  4. *out.gff：gff结果格式
  5. *out.html：html结果格式
  6. *tbl：结果汇总表

参考：
基因组重复序列检测工具RepeatMasker安装及使用
repeatmasker输入输出文件说明
RepeatModeler安装及使用

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