fragement/reads, insert size/fragement size 的区别

fragement是reads 比对参考序列时，得知与其pair的另一条reads是否也比对上这个位置，这两条互相配对的reads就是fragement。
insert size是sam文件中的第九列，是表示我们想要的片段的大小
fragement size是指insert size加上两头adapter / index/ 等的大小

image.png

Insert_size = Length of the sequence between the pair adapters

Fragment_size= Insert_size + Length of the pair adapters

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