二年（丙戌，公年26年）
春季，正月，甲子朔（初一），出现日食。
刘恭已知赤眉政权必定会瓦解，秘密嘱咐弟弟刘盆子交出玉玺绶带，并教他练习推辞谦让的话。及至元旦大会群臣，刘恭首先说：“各位共同拥立我的弟弟做皇帝，恩德深厚。但即位将近一年，天下混乱，一天比一天厉害。我的弟弟实在不能胜任大家的重托，恐怕就是死了也不会对国家有好处。希望能够让我的弟弟退位做一个老百姓，再另求贤达智慧的人选。谨请各位将军仔细考虑！”樊崇等道歉说：“这都是我们的过失。”刘恭再次坚持请求退位。有人说：“这难道是式侯你的事吗？”刘恭害怕，起身离去。于是刘盆子下了宝座解下玉玺绶带，叩头说：“现在虽然立了皇帝，可是大家像过去一样做强盗，四方怨恨，不再信服向往我们，这全都是因为立皇帝立错了人的缘故。恳请各位将军让我退下，为圣贤让路！如果一定要杀我来抵塞罪责，我也没有什么地方可以逃离一死！”说完，痛哭流涕。樊崇等及朝会的数百人，听到刘盆子的话，没有不哀怜的，于是全都离开座位叩头说：“我们不好，对不起陛下。从今往后，不敢再有放纵的行为！”于是一起把刘盆子抱上宝座，给他挂上玉玺绶带。刘盆子又号又呼，但身不由己。朝会完毕，将领们出宫，各自紧闭营门自守。三辅地区的人一致称颂皇帝聪明，老百姓争着返回长安，街市里人群拥挤。可是，过了二十多天，官兵们又跑出营门，照旧大肆抢劫。
力子都被他的部曲杀害，余党和其他贼寇在檀乡汇集，被称做檀乡贼。攻掠魏郡、清河。魏郡大吏李熊的弟弟李陆阴谋叛变，迎接檀乡贼进城。有人把李陆的阴谋报告魏郡太守颍川人铫期。铫期召见李熊质问，李熊磕头承认，表示愿意和老母亲一起赴死。铫期说：“做官如果不像做贼那样快乐，可以和老母亲一块儿去投奔李陆！”铫期派官吏把李熊母子送出城。李熊出城，找到李陆，带他到郡治邺城的西门，李陆不胜惭愧，自杀身亡，以向铫期谢罪。铫期叹息，按照礼节安葬李陆，恢复了李熊原来的官职。于是，魏郡的人都敬服铫期的威望。
刘秀派遣吴汉率领王梁等九位将军，在邺城东面的漳水河畔攻击檀乡贼，大败贼兵，十余万人全部投降。刘秀又派王梁和大将军杜茂率领军队安抚魏郡、清河、东郡，扫平各个自保的营寨保垒，使这三郡平安清静，边疆的道路畅通无阻。
正月庚辰（十七日），刘秀把所有的功臣都封为侯爵。梁侯邓禹、广平侯吴汉都亭有四个县的封地。博士丁恭发表意见，说：“古时候，分封诸侯不过百里。树干强壮，树枝弱小，以此来把国家治理好。现在封四个县，不合法制。”刘秀说：“古时候的亡国全是因为无道，从来没有听说过因功臣封地多而亡国的。”阴乡侯阴识因为战功应当增加封地。阴识磕头辞谢说：“天下刚刚安定，有战功的将帅很多，我作为后宫的亲属，仍然要增加封地，就无法面对天下。这是因为皇亲国戚受到封赏，全国百姓都评价他的功绩。”刘秀表示接受。
刘秀让将领们各自说出所愿封的地方，众人全都指出富庶的县分。河南太守颍川人丁綝只请求分封自己的故乡。有人问他原因，丁綝说：“我的能力小，功劳又少，能够封乡亭侯就很优厚了！”刘秀听从他的意愿，封他为新安乡侯。
冯勤字伟伯，魏郡繁阳人。曾祖父冯扬，宣帝时为弘农太守。有八个儿子，都是二千石，赵魏之间引以为荣，称为“万石君”。兄弟身体都很强壮，只有冯勤的祖父冯偃，身长不满七尺，常常以身矮为耻，恐以后子孙也会身矮，于是为儿子冯伉娶身材很高的妻子。冯伉生冯勤，身长八尺三寸。八岁就会算术。起初为太守铫期功曹，有能人称号。铫期常从光武征伐，政事一概委托冯勤。冯勤同县人冯巡等举兵响应光武，计谋未成而被豪右焦廉等所反对，冯勤于是率领老母兄弟及宗族亲属归附铫期，铫期把他们都当作心腹，荐举给光武。起初未被任用，后来就任用为郎中，供职尚书。以图议军粮，处事精明勤勉，于是被光武亲信重视。每次引进，帝总是对左右说“：是一位好官啊！”由此令冯勤考校诸侯的晋封事宜。冯勤衡量功次轻重，国土远近，地势丰薄，使封赏与功劳相一致而不逾越，使人莫不心服。刘秀认为冯勤有才干，将尚书众事都交给他负责。以前的做法是，尚书郎的位置由尚书令史按年资依次递补，刘秀开始用孝廉当尚书郎。
刘秀在都城洛阳建立高庙。每年春夏秋冬四季，联合祭祀汉高祖刘邦、汉文帝刘恒、汉武帝刘彻。在宗庙的右边建起祭祀土神和谷神的社稷坛。在洛阳城南建立祭祀天地等众神的神坛。
长安城中粮食耗尽，赤眉将领们把搜来的金银财宝装上车，大举纵火焚烧宫室、街巷民宅，恣意烧杀掳掠，长安城中再也看不见行人。赤眉于是领兵向西，号称百万大军。从南山起，对所经过的城邑进行抢掠。随后进入安定、北地。邓禹率领军队向南到达长安，驻屯昆明池，拜谒祭祀高庙，收集西汉十一位皇帝的神位，送往洛阳。同时巡行陵园，安排官兵事奉守护。
真定王刘杨制造谶文说：“赤九之后，瘿杨为主。”刘杨脖子上生有赘瘤，想以此惑乱民众，并同绵曼县的盗寇互相勾结。刘秀派遣骑都尉陈副、游击将军邓隆去召刘杨，刘杨紧闭城门不让他们入内。刘秀又派遣前将军耿纯持符节巡视幽州、冀州，沿途慰劳各处的王侯，并密令他逮捕刘杨。耿纯到达真定，住在驿站，邀请刘杨见面。耿纯的母亲是刘杨本家，所以刘杨不怀疑他。而且又仗着自己人多势众。而耿纯神情安祥，刘杨就带着随从官属前去见耿纯。刘杨的兄弟们全都带领轻装的士兵守在门外。刘杨走进耿纯的住所，拜见耿纯，耿纯以礼敬的态度迎接，乘机邀请刘杨的兄弟们全都进屋。于是关闭房门，把他们全部诛杀，然后率领军队离开。整个真定都处于震撼和恐怖之中，没有人敢有所举动。刘秀怜悯刘杨谋反还没有行动就被诛杀，又封他的儿子刘德继任真定王。
二月己酉（十六日），刘秀前往修武。
鲍永、冯衍确实了解到刘玄已死，于是发布文告追悼，放出储大伯等，封存好印信绶带，遣散所有的部众，用头巾包头到河内归降。刘秀召见鲍永，问：“你的部队在什么地方？”鲍永离开座位磕头说：“我效忠刘玄，却不能保全他。靠他的部众企望富贵，使我感到惭愧，所以全都把他们遣散了。”刘秀说：“你的话格调很高。”而心里却不高兴。不久，鲍永因立战功而被刘秀重用，冯衍被废弃不用。鲍永对冯衍说：“过去汉高祖刘邦奖赏有罪的季布，诛杀有功的丁固。现在我们遇到了圣明的君主，还有什么忧虑呢？”冯衍说：“古书里有记载：有一个人挑逗邻居的妻妾，年纪大的唾骂他，年纪轻的答应他。后来她们的丈夫死了，这个人娶年纪大的人为妻。有人对他说：‘她不是那个骂你的人吗？’这个人说：‘她是别人的妻子，我希望她答应我；她是我的妻子，我希望她唾骂别人！’人的命运很难预料，而做人的道理却易于遵守。遵守做人道理的臣子，还怕什么死亡？”
大司空王梁多次违背刘秀的命令。刘秀大怒，派遣尚书宗广持符节到军营中就地处死王梁。宗广逮捕王梁，用囚车把他送到首都洛阳。囚车到后，刘秀赦免了王梁，任命他为中郎将，到北方镇守箕关。
宋弘，字仲子，京兆郡长安县人，父亲宋尚，在成帝时官至少府；哀帝即位，宋尚因为不愿党附董贤，被董贤以不敬之罪将他抵罪。宋弘年轻时便很温顺，在哀帝、平帝朝中作过侍中，王莽当朝时他还当过共工。赤眉军攻入长安，派来使者征辟宋弘，宋弘受逼迫，不得已只好从命。行至渭桥时，他便跳了河。家里人把他救了起来，他便装死，这样才免于治罪。光武帝即位，授予宋弘太中大夫的职务。
本年，宋弘代替王梁担任大司空，并被封为栒邑侯。他把所得到的租俸都分送给了远近亲戚，家中却没有一点积蓄，这种清廉的风格受到了世人的好评。后来又改封为宣平侯。
光武帝曾经向宋弘了解国内通博之士，宋弘便推荐了沛国的桓谭，称他才学广博，几乎可以赶上杨雄与刘向刘歆父子。光武帝于是任命桓谭为议郎、给事中。此后光武帝每次宴会，总是叫桓谭弹琴，因为他很喜欢那种美妙的轻音乐，宋弘知道后，心中便不高兴，后悔当时推荐了桓谭。有一次宋弘伺得桓谭从宫中退出，便派了一名属吏去传唤桓谭，自己则整整齐地穿上朝服，坐在大司空府堂上，桓谭进来后，宋弘并不请他入坐，责备道：“我之所以推荐你，是希望你用道德辅佐君王，但你现在几次向皇上演奏郑卫淫声，损害了《雅》、《颂》正音，这不是忠正之士应当做的。你能够自己改正吗？还是叫我依法检举呢？”桓谭一再叩头认错，过了好久，宋弘才让他离开。后来光武帝大会群臣，又叫桓谭弹琴。桓谭看见宋弘也在坐，便显得非常不安，弹得也不像平常那样熟练自如。光武帝奇怪，便问其中的缘故。宋弘便离开座位，摘下官帽，向光武帝认错：“臣下之所以推荐桓谭，是希望他能够以忠正之节引导君王，可是现在他叫朝廷耽迷于郑卫淫乐，这是为臣的罪过。”光武帝一听，即为这改容，马上向宋弘道歉，让他戴上帽子。此后便不再让桓谭担任给事中的职务了。宋弘推荐有才能的冯翊恒梁等三十余人其中有一些人相继担任了公卿大臣。
有一次，宋弘适逢光武帝设宴会集群臣，席间，他看到皇帝御座旁边有副新屏风，上面画着许多美女，光武帝几次回头去欣赏，宋弘便严肃地说：“没有看见好德像好色一样深的人。”光武帝听后，当即令人撤去了屏风，并笑着对宋弘说：“闻义则服，还可以吧？”宋弘答道：“陛下进德，臣高兴得不得了。”
当时光武帝的姐姐湖阳公主刚死了丈夫，光武帝便与她一起谈论朝廷群臣，悄悄地揣摩公主的想法。公主说：“宋公的戚容与道德，所有的朝臣都比不上。”光武帝说：“待我考虑一个办法。”后来宋弘被光武帝引见。光武帝便叫公主坐到屏风后面，于是对宋弘说：“谚语讲人升了官就换朋友，发了财就换老婆，这是人之常情吗？”宋弘答道：“臣闻贫贱之交不可忘，糟糠之妻不下堂。”光武帝便回头对公主说：“事情办不成了。”宋弘在位五年，因考查上党太守无罪可据，免归府第。数年后去世，无子，封国废除。
范晔说：中兴以后位居宰相台辅掌握国家大权的人很多啊。那些因任职而有功名的，难道不是先讲德礼，后重名法吗？所以惠公在仓卒之际，首讲乡射之礼；君房入朝，先奏宽大之令。那些博大的器具有很难发挥近前的作用，道理深刻的措施其功效是久远的，这大抵是志士仁人用心的根本。君子行道义而得，谓之得；行道义而失，也可说是得。宋弘禁止繁声，戒淫色，有《关睢》进贤之意。
早先光武征讨王郎时，彭宠征调步骑三千人，以吴汉行长史，及都尉严宣、护军盖延、狐奴县令王梁，与上谷军合军向南，跟及光武于广阿。光武承帝令封彭宠为建忠侯，赐号大将军。于是围邯郸，彭宠转运粮食，前后不绝。王郎死，光武追击铜马，北至蓟。彭宠上谒，自以为功劳大，期望甚高，光武接见他不能满足要求，因此心怀不平。光武知道后，以此问幽州牧朱浮。朱浮回答说：“以前吴汉北发兵时，大王赐彭宠以所佩剑，又倚重他为北道主人。彭宠以为他来时你当在小门握手迎他，与他交欢并坐。现在不是这样，所以他失望了。”朱浮因而说：“王莽为宰衡时，甄丰旦夕进府谋议，当时的人说：‘夜半客，甄长伯’。王莽篡位后，甄丰意不平，终被诛死。”光武大笑，以为不至于到这种地步。光武即位后，吴汉、王梁，都是彭宠派去的人，都位列三公，而彭宠独没有加升，更加怏怏不得志。叹道：“我的功劳应当封王，现在却成这样，陛下忘了我吗？”
这时，北方州郡残破零散，而渔阳郡还较为完整。这里有旧时设置的铁官。彭宠运铁矿来换取谷物，积蓄珍宝，一天比一天富强。
朱浮字叔元，沛国萧县人。这时为幽州牧，年纪轻而才华出众，想要严格风俗教化，收拢士人之心，征召州中素有名望的人，和王莽时俸禄二千石的旧官吏，全都招致安置在州府中；调拨各郡大量粮食赡养他们的妻子儿女。彭宠认为天下没有完全安定，军事行动方兴未艾，不应该多设置官员来消耗军事物资，因此不服从朱浮的命令。朱浮一向骄矜急躁，自以为高人一等。彭宠也倔强不让步，两人之间的嫌隙怨恨越来越深。朱浮多次向刘秀进谗言，陷害彭宠，密奏彭宠集结大量军队和粮草，意图很难预料。刘秀就故意泄露这些话让彭宠听到，以此胁迫，使他害怕。到最后，有诏令征召彭宠，彭宠给刘秀上疏，请求和朱浮一块儿去洛阳，刘秀不准。彭宠因此更加疑心。他的妻子一向刚强，不能忍受这种压抑屈辱，坚决劝丈夫不要接受征召，说：“天下还没有平定，四方英雄各自称雄。渔阳是个大郡，兵马最强，为什么要放弃这里的一切离去呢？”彭宠又和自己亲信的官员商议，大家都怨恨朱浮，没有一个劝他去洛阳的。刘秀派彭宠的堂弟子后兰卿去劝导鼓宠，彭宠便留下子后兰卿，随后起兵叛变。他任命了将帅，自己率领二万余人攻打朱浮所在的蓟城。
朱浮以书信责备他说：“我听说智者顺时而谋，愚者逆理而动，常私下悲京城太叔以不知足而无贤人辅佐，结果是自弃于郑。伯通以名字显著而主持郡政，有佐命之功，临人亲职，爱惜仓库，而我秉征伐之任，想审时救急，二者都是为国家哩。既怀疑我诬告了你，何不到京师自陈，而为此族灭之计呢？朝廷对你伯通，恩德也是很厚的了，委你以大郡，赐号大将军，事有柱石之寄，情同子孙之亲。匹夫媵妾尚能舍己以报一餐之恩，岂有身带三绶，职典大邦，而不顾恩义，生心外叛的吗？伯通与官吏们讲话，有何面目呢？行步拜起，何以自容呢？坐卧想想，何以为心呢？拿镜子自己照照，置眉目于何处呢？举措建功，何以为人呢？可惜你弃美令的嘉名，造鸱枭食母之逆谋，抛弃传给后代的福祚，招来破败的重灾，高谈尧舜之道，不弃桀纣之性，生为世笑，死为愚鬼，不是很悲哀吗！伯通与耿况都起来佐命汉室，同受国恩。耿况谦让，屡有降损之言；而伯通自夸其能，以为功高天下。以前辽东有猪，生了一头白猪，猪主人异而献之，行到河东，见到所有的猪都是白的，就惭愧而还。若把你的功劳拿到朝廷去讨论，那么只是辽东猪了。今却愚妄，自比六国。
六国之时，其势各盛，国土数千里，雄兵百万，所以能据国相持，经历许多年世。今天下有多大，列郡有多少城？你怎么能以区区渔阳而结怨天子？这正如河滨之人捧土以塞孟津，是多么不自量呢！方今天下刚定，海内希望安宁，士无论贤或不肖，都乐意立名于世。而伯通独中风狂走，自弃盛世，内听娇妇之失计，外信谗邪之谀言，长为群后恶法，永为功臣鉴戒，岂不是错误？定天下者不计私仇，希勿以前事自误，愿留意照顾老母幼弟，凡举事不要为亲者所痛，而为仇者所快。”彭宠得书更怒，进攻朱浮也更急。
彭宠又因和耿况都有大功而封赏同样微薄，几次派人邀请引诱耿况。耿况不肯接受，将彭宠派去的人斩杀。
延岑再次叛变，包围南郑。汉中王刘嘉兵败逃跑，延岑于是占据汉中随后进攻武都，被原刘玄的柱功侯李宝打败，延岑逃往天水。公孙述派遣将领侯丹夺取南郑。刘嘉收容散兵，得到数万人，用李宝为宰相，从武都向南袭击侯丹，战斗失利，军队退回河池、下辨。又同延岑连打了几仗。延岑领兵向北，进入散关，抵达陈仓。刘嘉追击，打败延岑。
公孙述又派将军任满从阆中下江州，向东占据关，于是全部占有益州地区。
辛卯，刘秀返回洛阳。
三月乙未，刘秀实行大赦。
更始郾王尹尊及诸多大将在南方没有投降的还很多，光武帝召集诸将商议兵事，没有发言，深思了很久，才以木简叩地说：“郾王尹尊最强，宛为其次，谁可担攻击之责？”贾复慨然回答说：“臣请命攻击尹尊。”光武帝笑说：“执金吾去攻郾王，我还有什么忧虑呢！大司马（吴汉）应去攻宛。”于是派遣贾复与骑都尉阴识、骁骑将军刘植南渡五社津击郾王，连破郾王等。一月有余，尹尊投降，其地全部平定。又引兵东击更始淮阳太守暴汜，暴汜投降，各属县全部平定。
夏季，四月，光武派遣虎牙大将军盖延等讨伐刘永。起初，陈留人苏茂为更始讨难将军，与朱鲔等守洛阳。朱鲔既降了汉，苏茂也归命刘秀，刘秀就派苏茂与盖延共同攻刘永，军中不和睦，苏茂就造反，杀了淮阳太守潘蹇，掠得了几个县，占据广乐而向刘永称臣。刘永以苏茂为大司马、淮阳王。盖延于是围攻睢阳。
吴汉攻打宛城。宛王刘赐带着刘玄的妻子儿女到洛阳投降。刘秀封刘赐为慎侯。刘秀的叔父刘良、族父刘歙、堂兄刘祉全从长安来到洛阳。甲午（初二），刘秀封刘良为广阳王，封刘祉为城阳王；又封哥哥刘的儿子刘章为太原王、刘兴为鲁王。刘玄的三个儿子刘求、刘歆、刘鲤全封为侯爵。
王常带妻子到洛阳，裸露上身向光武谢罪。光武看见王常很欢喜，慰劳他说：“王廷尉很辛苦。我每想过去，共历艰难困苦，何日能忘。你久去而不来，难道要违背过去的话吗？”王常以头叩地谢罪说“：臣蒙天命，得以执鞭托身于陛下。始遇于宜秋，后来又会于昆阳，幸赖神灵武会，成为同心之交。更始不弃愚臣，任以廷尉代理南阳太守。赤眉破更始，使人伤心失望，以为天下纲纪再度破坏。听说陛下即位河北，心明眼亮，今得见于帝庭，死无遗恨了。”帝笑着说：“我与廷尉开玩笑罢了。我见到了廷尉，不忧南方了。”于是召集公卿将军以下大会，特为群臣介绍说：“王常与众人兴义兵，明于知天命，所以更始封他为知命侯。与我相遇在军中，尤相厚爱亲善。”特加赏赐，拜为左曹，封为山桑侯。
五月庚辰（十九日），刘秀封族父刘歙为泗水王。
刘秀因为贵人阴丽华性情温柔宽厚，想立她为皇后。阴贵人因为郭贵人已有儿子，始终不肯承受这一封号。六月戊戌（初七），刘秀封贵人郭氏为皇后，以她生的儿子刘强为皇太子。实行大赦。
丙午，封泗水王子终为淄川王。[22]丙午（十五日），刘秀封泗水王的儿子刘终为淄川王。
秋季，贾复南下，进攻召陵、新息，占领了两地。贾复的部将在颍川杀人，颍川太守寇恂将其捕获，囚禁狱中。当时新的秩序还在创建，军人触犯法律，大多互相包容，而寇恂将那个部将在街市上处死。贾复以此为耻辱，回来时经过颍川，对左右说：“我和寇恂同样都是将帅，而我却被他所欺侮。今天见到寇恂，我一定要亲手给他一剑！”寇恂知道贾复的打算，不想和他见面。寇恂姐姐的儿子谷崇说：“我是一名武将，能够佩带宝剑在旁边侍候。一旦有变化，足可以抵挡。”寇恂说：“不能这么做。从前蔺相如不畏惧秦王而受屈于廉颇，那是为了国家。”于是下令所属各县，预备丰盛的供应，储存含渣的酒浆。执金吾的军队进入颍川境内，每人全都是两份饮食。寇恂出城在道上迎接贾复，然后声称有病返回城内。贾复率军要追寇恂，而官兵们都喝醉了，于是只好过境而去。寇恂派谷崇到洛阳把情况向刘秀汇报，刘秀于是征召寇恂。寇恂到达洛阳，被引见刘秀。当时贾复已先在座，想起身回避。刘秀说：“天下还未安定，两虎怎么能私下相斗！今天我替你们调解。”于是两人并肩而坐，都非常高兴，随后乘一辆车出宫，结为好友而离去。
八月，刘秀亲自统率众将领征讨五校军。丙辰（二十六日），到达内黄。在阳大败五校军，接收投降的部众五万人。
刘秀派遣游击将军邓隆协助朱浮讨伐彭宠。邓隆的军队在潞城南屯驻，朱浮的军队在雍奴屯驻，然后派官吏向刘秀奏报军情。刘秀看过文书，非常生气，对那个充当专使的官吏说：“官营相距一百里，这种形势怎么能够相互支援！等你回去，驻扎在北面的潞城的军队必定吃了败仗。”彭宠果然派遣轻装部队攻袭邓隆的军队，大败邓隆军。朱浮离得远，结果无法相救。
盖延包围睢阳数月后，攻克睢阳。刘永逃到虞县，虞县人反叛，杀了刘永的母亲和妻子。刘永和部下数十人逃往谯县。苏茂、佼强、周建集合大军三万余人来救刘永。盖延和他们在沛县西交战，大败苏茂等人。刘永、佼强、周建逃跑，据守湖陵，苏茂逃回广乐。盖延于是平定了沛、楚、临淮三郡。
刘秀派太中大夫伏隆持符节出使青州、徐州，招降刘永统治下的各郡、各封国。青州、徐州的盗寇听说刘永失败，全都惊惶恐怖，请求归降。张步派他的属官孙昱跟随伏隆到洛阳，奉上奏章，献上鳆鱼。伏隆是伏湛的儿子。
堵乡人董䜣在宛城反叛，捉住南阳太守刘驎。扬化将军坚镡进攻宛城，攻陷宛城。董逃回堵乡。
吴汉夺取南阳各县，在经过的地方，多有侵暴行为。破虏将军邓奉请求回新野省亲，他对吴汉抢劫他的乡里十分愤怒，于是叛变，击溃吴汉的军队，在阳屯据，同各路贼寇联合起来。
九月壬戌（初二），刘秀从内黄返回洛阳。
陕县贼寇苏况攻破弘农。刘秀派景丹征讨。正赶上景丹去世，便改派征虏将军祭遵攻打弘农、柏华、蛮中等地贼寇，把他们全部荡平。
赤眉军打算向西去陇地，隗嚣派遣将军杨广迎击。打败赤眉；又乘胜追击，在乌氏、泾阳一带击败赤眉。赤眉抵达阳城、番须地区，天降大雪，把坑坑谷谷都填满了，很多士兵冻死。于是又返回来，挖掘西汉的皇陵，掠取其中的财宝。凡是用玉衣装殓的尸体，大都栩栩如生。贼寇于是侮辱了吕后的尸体。邓禹派兵在郁夷攻打赤眉，反被赤眉打败。邓禹于是撤军，抵达云阳。赤眉又进入长安。延岑驻扎在杜陵，赤眉将领逢安攻打延岑。邓禹因逢安的精兵离开长安，便率军袭击长安。恰巧谢禄的救兵赶到，邓禹战败逃跑。延岑攻击逢安，逢安大败，死十余万人。
廖湛率领十八万赤眉军进攻汉中王刘嘉。刘嘉和廖湛在谷口交战，廖湛大败，刘嘉亲手杀死廖湛，于是到云阳筹备军粮。刘嘉妻子的哥哥新野人来歙，是刘秀姑姑的儿子，刘秀派邓禹招降刘嘉。刘嘉依靠来歙的关系到邓禹的营垒归降。刘嘉的宰相李宝态度傲慢，邓禹斩杀李宝。
冬季，十一月，刘秀任命廷尉岑彭当征南大将军。刘秀在大会群臣时，指着王常对群臣说：“此人率领下江将领辅佐保卫汉朝，心像金石一般坚硬，真是忠臣呵！”当天，任命王常为汉忠将军，派他和岑彭率领建义大将军朱祜等七位将军征讨邓奉、董。岑彭等先攻打堵乡的董，邓奉出兵援救董。朱祜战败，被邓奉俘获。
铜马、青犊、尤来等贼军残部共同拥立孙登当皇帝。孙登的部将乐玄杀死孙登，率领部众五万多人投降刘秀。
邓禹自从冯叛变后，声望逐渐降低，再加上缺乏军粮，和赤眉军交战屡次不利，归附他的人逐渐离散。赤眉军和延岑军同时在三辅地区横暴作乱，郡县的大家族各自集结兵众自保，邓禹无能为力。刘秀于是派遣偏将军冯异接替邓禹讨伐赤眉等贼军。刘秀送冯异到河南，告诫冯异说：“三辅地区遭受王莽、更始的灾难，又加上赤眉、延岑的暴行，生灵涂炭，没有地方哀告倾诉。将军现在奉命讨伐叛逆，对那些投降的营寨，将其首领送到京城洛阳，遣散小民，让他们回家耕田种桑；摧毁营寨堡垒，使他们不能再聚集起来。出征讨伐并不是一定要夺取土地、屠杀城池，关键在于平息叛乱、安抚百姓而已。将领们不是不善于战斗，但喜好掳掠。你本可以驾驭部众，要常常告诫自己，不要给郡县的百姓造成痛苦！”冯异叩头，接受命令，率军向西进发。他在所经过的地方传播威望和信誉，很多盗贼投降。
司马光说：从前，西周时代的人称颂周武王的恩德说：“宣扬令人怀念的美德，我的追求只是天下安定。”这是说君王的军事行动，目的仅在于传布威望美德，使人民安乐而已。刘秀所以能夺取关中，所用的就是这个原则。这难道不是美好的事吗？
刘秀又下诏征召邓禹回洛阳，说：“要慎重，不要同穷途末路的敌人争高低！赤眉军断粮，自然会来东方。我们以饱食等待饥饿，以安逸等待疲劳，折断策马用的杖便可抽打他们，大家不用担心。不许再轻率进攻！”
刘秀任命伏隆当光禄大夫，又派他出使到张步处，任命张步当东莱太守，并同新任命的青州牧、太守、都尉一起东下。刘秀授权伏隆可以自行任命县令、县长及其以下的各级官员。
十二月戊午（三十日），刘秀发布诏令：凡被王莽新朝废除的刘氏皇族列侯，全都恢复原来的封国。
三辅地区发生了严重的饥荒，出现人吃人的现象。城郭全空，白骨遍野。生存下来的人往往聚在一起兴筑营寨自保，各自坚壁清野。赤眉军掳掠不到东西，于是领兵东归，部众还有二十余万，一路上又纷纷逃散。刘秀派遣破奸将军侯进等驻屯新安，派遣建威大将军耿等驻屯宜阳，以截断赤眉军的归路。他命令将领们说：“贼寇如果向东逃跑，可率宜阳部队去与新安部队会师；贼寇如果向南逃跑，可率新安部队去与宜阳部队会师。”冯异和赤眉军在华阴遭遇，互相对抗六十余天，交锋数十次，赤眉军将士有五千余人投降。
